早期肝癌的癥狀往往是非特異性的，中晚期肝癌的癥狀很多。常見的臨床表現為肝區疼痛、腹脹、厭食、乏力、消瘦、進行性肝臟腫大或上腹部包塊。部分患者出現低熱、黃疸、腹瀉、上消化道出血、肝癌破裂後急腹癥，癥狀不明或僅有轉移癥狀。
在體征方面，早期肝癌往往沒有明顯的陽性體征或僅有類似肝硬化的體征。肝癌晚期通常會出現肝腫大、黃疸、腹水等體征。
大多數肝癌晚期患者會表現為肝區疼痛，其發生率超過50%。這主要是由於幹部腫瘤生長過快，擠壓或侵犯了神經末梢豐富的肝包膜，從而引起疼痛。
肝癌患者的肝區疼痛通常位於右側肋骨或劍突下，多為持續性鈍痛、隱痛或刺痛，但也有少部分肝癌患者可在短時間內緩解，給人壹種病情緩解的錯覺。
但是，也有壹些肝癌患者的疼痛可以特別體現出來。比如有的患者的疼痛可以體現為上中腹部的疼痛，多為左葉肝癌引起，然後容易誤診為胃病，延誤肝癌的治療；壹些患者還表現出右肩疼痛，這在右葉靠近膈肌的腫瘤中更常見。因為累及膈肌，右肩疼痛容易誤診為肩周炎。少數患者可表現為肝區突然劇烈疼痛，多為位於肝臟外側的癌結節破裂出血所致。如果患者伴有頭暈、眼花、心悸、血壓下降等。，很可能是癌結節破裂並發嚴重內出血，需要緊急搶救。
另外，肝癌轉移到腹腔淋巴結的患者可以表現為腰痛，轉移到脊柱的患者也可以表現為腰痛，轉移到其他骨骼的患者可以表現為相應部位的疼痛，如轉移到顱內的患者可以表現為頭痛和厭惡。