覆蓋隔離可以保持品種的純度，適用於品種多、種子量小的種質資源育種，但要註意品種的敏感性、結實率和病蟲害防治。
(2)網室隔離:網室是活動的或固定的，可以隔離繁殖更多的蕎麥種子，蕎麥品種育種中的高世代材料和原種都可以使用。網室的網罩由100目尼龍篩網制成，由鐵架支撐。房間凈尺寸壹般為18 ~ 30m。房間凈距應大於3 m
(3)空間隔離:空間隔離可以大量繁殖蕎麥種子，多采用良種。觀測表明，蕎麥花粉的風傳播距離在1000米以上；昆蟲傳播花粉，飛行能力最強的熊蜂距離可達4500m，所以繁殖蕎麥品種的空間距離在4.5km最安全，如果繁殖地有山谷、村落、樹林、建築物等自然隔離條件，可適當減小隔離距離。為了保證種子的純度，隔離區周圍不能種植不同品種，嚴禁蜜蜂。
(4)四倍體分離:根據φ ECE нкоо H.B .的說法，二倍體蕎麥品種的花粉粒落在四倍體柱頭上時，能以較快的速度生長，形成退化不育三倍體。當四倍體和二倍體蕎麥品種相鄰種植時，四倍體蕎麥品種產量急劇下降，而二倍體蕎麥品種產量也下降，但下降幅度比四倍體蕎麥品種小得多。
(5)種植隔離:姜觀察(1984)苦蕎雖然是自花授粉作物，但自然結實率只有85%左右，自然雜交率仍然較高。不同品種相鄰種植，也容易造成生物混淆。為保證種子純度，應進行種植隔離，品種間的空間距離保持在30m以上。