飲用軟性飲料是否有害健康存爭議
壹份由哈佛大學調查的研究指出，在美國15年間，軟性飲料使得孩童肥胖的人數增加了壹倍。美國波士頓兒童醫院的大衛·路維格醫生指出，每日至少喝240毫升軟性飲料的學齡兒童會比其他不喝的兒童多攝取835卡洛裏，日後會有比較高的糖尿病罹患率。 多數軟性飲料含有大量的單純碳水化合物，如葡萄糖、果糖、蔗糖與其他單純的糖分，口腔內的細菌會使這些碳水化合物發酵，產生酸性物質，進而溶解牙齒的琺瑯質，使得蛀牙的可能性增加，飲用越多，蛀牙風險越高。
多數軟性飲料為酸性，某些甚至會低於pH值 3.0，長期以啜飲的方式飲用的話會腐蝕牙齒的琺瑯質，牙醫因此建議使用吸管飲用，飲料可直接入喉，避免與牙齒接觸。同時，牙醫也建議飲用後馬上刷牙可避免琺瑯質的腐蝕。 苯是壹種致癌物質，許多軟性飲料公司都有1990年起飲料受到苯汙染的相關文件。起初，學者認為汙染源來自二氧化碳，但相關研究卻發現苯酸鹽和抗壞血酸或異抗壞血酸（erythorbic acid）反應後會產生苯。2006年，英國食品標準局發表了軟性飲料中苯含量的調查結果，他們測試了150種產品之後，發現有四種產品超過WHO訂定的飲用水苯含量的標準，食品標準局要求這些產品停止銷售。
奎寧是壹種帶有苦味的添加物，成分為二溴化氫，陽光直射會分解。分解後的產物被懷疑是壹種致癌物質，成了不具苦味的奎寧，因此添有奎寧的飲料應避免置放在陽光下。 2006年10月發表的某報導指出，某些軟性飲料含有可測得的酒精含量。在壹些老舊的制程中，為了要使飲料碳酸化，發酵是必備的程序，因此會有酒精生成，現代的制程則是使用二氧化碳打入飲料之中，但可能因為未殺菌使得發酵的情況發生。另外，有些飲料會使用酒精來添增其風味，所以才會有酒精產生。