首先是種植論，傳播途徑主要包括以下三點:
1.是經血逆流；
2.是淋巴和靜脈的擴散；
3.是醫源性種植；醫源性種植包括分娩後腹部切口和會陰切口的子宮內膜異位癥，可能是術中子宮內膜直接植入切口所致。
第二種學說是體腔上皮化生學說，認為卵巢的表面是上皮，盆腔腹膜是由胚胎期化生潛能高的體腔上皮分化而來。
第三種是誘導學說，即未分化的腹膜組織在內源性生化因子的誘導下可以發育成子宮內膜組織，植入的子宮內膜可以釋放化學物質誘導未分化的間質形成子宮內膜組織。
子宮內膜異位癥的形成可能與以下因素有關:
首先是遺傳因素。子宮內膜異位癥有壹定的家族聚集性，可能與遺傳有關。
其次，免疫和炎癥因素，異常的免疫調節，在子宮內膜異位癥的發生發展中也起到了非常重要的作用。
第三個因素是其他因素。國內有學者提出了在位子宮內膜決定論，認為在位子宮內膜的生物學特性是子宮內膜異位癥的決定性因素。如果局部微環境發生改變，可以影響子宮內膜異位癥患者在位子宮內膜的特性，如粘附性、侵襲性、刺激血管形成的能力等，比非子宮內膜異位癥患者更強。環境因素也與子宮內膜有潛在的聯系。
此外，血管生成因子也可能參與子宮內膜異位癥的發生。部分患者腹腔液中vecf等血管生成因子的增加，使盆腔微血管生長增加，也容易使異位子宮內膜生長。