南瓜葉，花梗，藤蔓，種子和果肉都可以藥用。南瓜花性涼，有清濕熱、消腫、治夜盲癥、止咳的功效。南瓜葉含葉綠素，可治痢疾、營養不良、外傷。南瓜蒂可治療癰、癤、燙傷、習慣性流產、呃逆、陰囊濕疹等疾病。南瓜藤具有清肺、和胃、通絡的功效，可用於治療肺結核、低熱、哮喘、胃痛、月經不調和燙傷。南瓜子是驅蟲的良藥，能驅除蛔蟲、絳蟲、血吸蟲。
尤其值得壹提的是南瓜的藥用價值。中醫認為，南瓜性溫，有潤肺、益氣、補中的功效。現代醫學發現，南瓜有很好的治療作用。南瓜中的果膠能保護胃腸粘膜免受粗糙食物刺激，促進潰瘍愈合。新鮮南瓜粉能促進膽汁分泌，加強胃腸蠕動。每天吃300克南瓜可以預防便秘。同時，南瓜汁可以加速腎結石和膀胱結石的溶解。還有報道稱，南瓜中含有豐富的果膠和膽固醇，可以降低血液中的膽固醇含量，預防動脈硬化。南瓜富含嫩纖維素，是壹種有效的減肥食品。近年來發現，南瓜還可以治療糖尿病。如果堅持每天用500克嫩南瓜煮飯，堅持2個月，就會有效果。南瓜粉可以促進胰島素分泌。有醫生證實，南瓜粉對腎炎、肝炎、肝硬化也有壹定療效。國內外研究人員還發現，南瓜有壹定的抗癌作用。南瓜中有壹種物質可以分解致癌物質亞硝胺——酶，可以減少消化道癌癥的發生。