月餅壹般分為軟餡和硬餡。軟填料含水分較多，只能存放7至10天左右，硬填料可存放1個月左右。因為月餅含有大量脂肪，也要避光存放，防止油脂氧化。
月餅要輕拿輕放，尤其是蘇式月餅因為皮脆最容易碎。如果外皮脫落，不僅影響外觀，還會影響口感品質，容易因受潮變質。
月餅富含油脂和糖分，受熱潮濕易發黴變質，壹定要低溫存放在陰涼通風處。
壹般來說，月餅松軟、潮濕，容易變質。最好放在冰箱裏，吃前壹小時拿出來，保證口感。
在25攝氏度的溫度環境下，杏仁、百香果月餅可保存15天左右，豆沙、蓮蓉、棗泥月餅保存時間不宜超過10天。
存放月餅時，不宜與其他食物、雜物放在壹起，以免串味，失去應有的味道和特色。為了保證月餅的新鮮質量，在購買盒裝月餅或散裝月餅時，要看清生產日期或出廠日期，以便掌握保質期。
另外，不要把吃剩的月餅放冰箱裏。月餅是用面粉、油、糖和堅果等配料精制而成的。月餅原料中的澱粉是烘烤後熟的，變軟。低溫下，煮熟的澱粉會析出水分而老化(即“回生”)，使月餅變硬，口感變差。油水少的月餅，比如老北京的紫來紅、紫來海月餅，比較硬。如果放在冰箱低溫潮濕的環境中，不僅會很快變硬，還會發黴。但對於廣式月餅來說，其含油量高，面粉低，口味變化會比較小。
烘焙食品，如烘焙蛋糕，不應該儲存在冰箱裏。
雖然對於某些種類的月餅來說，放在冰箱裏可以延長保質期，但還是會影響口味。