在疾病防治方面，鱘魚體型較大，大多有骨板，天敵較少。而且由於沒有大規模人工養殖的歷史，人工養殖引起的流行性、暴發性疾病比壹般養殖品種少得多，國內外關於魚病報道和治療方法的文獻也很少。有文章說，養的好的話是壹種“不知魚病的魚種”。大多數常見病都是由於水質惡化引起的，所以“水產養殖，水性化”在鱘魚養殖中極為準確，這也是至今大多數人堅持使用流水養殖鱘魚的主要原因。？
但在水溫低、水質差的情況下仍會發生細菌性疾病，所以要勤洗水池，定期用鱘魚消毒劑消毒。
可能的細菌性疾病有:
1)細菌性腸炎，表現為肛門腫痛，鏡下可見腸內粘液，嚴重者死亡，可在飼料中加入鱘魚健康制成藥餌治療。？
2)吻的下端和嘴周圍紅腫，嚴重時會造成死亡，壹般是細菌引起的。可以投鱘魚保健餌，用鱘魚專用消毒劑藥浴。？
3)越冬期間，由於水溫低，魚可能會變白發黴。為預防該病，可在越冬前投餵含有鱘魚食蟻獸免疫劑的飼料。如果有什麽疾病，可以用鱘魚專用消毒劑藥浴。？
在所有藥物的使用中，壹定要堅持先用少量的魚進行毒性試驗，以免因藥物的毒副作用造成不必要的損失。