壹般來說，首先要準備好合適規格的育苗盤和育苗基質，對育苗場所的病菌和雜物進行徹底的消毒和清理。除此之外，還需要對育秧盤和育秧基質進行消毒，防止種子生病，或最終防止哈密瓜苗因盤帶菌或育秧基質帶菌而感染病菌。如果是這樣的話，可以說後期哈密瓜育苗過程中會非常麻煩。對於病菌的預防，在哈密瓜育苗時要保證幼苗健康健壯，這樣在哈密瓜植株生長過程中對這類幼苗的管理才是最好的。
哈密瓜穴盤壹般選用72孔規格，育苗采用椰糠。塞苗基質消毒常用化學消毒和熱水消毒。熱水消毒時，基本上是用70-80℃左右的沸水浸泡消毒秧盤和秧基質，然後將秧基質放入穴盤。化學消毒，基本上是預防細菌和真菌疾病，基本上是混合細菌劑和真菌劑進行消毒。常見的藥劑，比如百菌清，基本都是用這些藥劑生產的，效果也不錯。壹般來說，哈密瓜種子播種前要消毒發芽。
種子消毒的方法有很多，但國內常用的方法是用溫水消毒種子。原因是為了去除種殼表面的病菌，所以播種前需要浸泡種子。壹般發芽步驟可分為以下幾個步驟:(1)、首先將種子放入55℃的溫水中，繼續攪拌至溫度降至30℃左右，即可停止攪拌。(2)將種子浸泡在30℃的水中半天。(3)然後用紗布包裹種子，然後放入培養箱中，保持溫度在30℃左右4.最後，等待24小時左右，可以看到種子露出胚芽，可以將種子放入育秧盤。壹般播種時，將育苗基質放入育秧盤內，在育秧盤上方按孔，然後播種。播種後，立即用椰糠覆蓋孔洞，然後澆水。壹般播種的話，當天澆水後基本上可以停止澆水，但基本上可以每天看看基質的含水量，在它爆發後進行補水。當然，在破土之前，也要每天觀察育苗基質的含水量。如果發現太幹，此時應立即澆水。