急性腎盂腎炎病情緊急，需要及時治療。在細菌培養澄清前，根據尿塗片染色結果使用低毒廣譜抗生素。對於革蘭陽性球菌，可選用萬古黴素和廣譜青黴素；革蘭陰性桿菌可選用頭孢菌素類、氨基糖苷類抗生素或復方磺胺甲惡唑、喹諾酮類等藥物。
治療持續至少兩周。這個時候抗生素的選擇完全取決於醫生的經驗。中山醫科大學葉教授推薦使用復方磺胺甲噁唑，其療效不遜於氨基糖苷類抗生素、氨芐西林和二、三代頭孢菌素，且具有以下優點:對尿路感染的大部分病原體有效，尿和血中藥物濃度高；使用後很少出現耐藥菌株；除了個別過敏，很少出現嚴重的副作用；腎毒性低，對腎功能不全的患者仍可使用，且不會增加腎功能的損害，仍能維持藥物在腎臟患者血、尿中的有效殺菌濃度；可分泌於陰道液中，抑制陰道前庭和尿道口周圍的細菌，從而減少尿路感染復發的機會。磺胺甲惡唑與甲氧芐啶合用，殺菌力可提高數倍；加入碳酸氫鈉不僅可以堿化尿液，加強磺胺甲惡唑的療效，而且可以防止長期使用後磺胺甲惡唑在尿液中結晶。如果患者對磺胺類藥物過敏，許多學者報道用喹諾酮類藥物治療尿路感染取得了滿意的效果。以上用藥方法僅供參考。
另外，抗菌藥物應在體溫正常、全身癥狀消失、細菌培養陰性後持續兩周。否則容易復發，需要4 ~ 6周的治療才能痊愈。
上尿路感染復發大多是因為治療不徹底，所以有人主張ct掃描觀察病竈吸收情況，監測治療效果。腎功能不全患者應慎重選擇氨基糖苷類等腎毒性抗生素，多使用腎毒性較小的抗生素。