南沙參時桔梗科植物杏葉沙參或沙參的幹燥根，主要產在東北、內蒙古、河北、山西、山東、華東等地。而北沙參時傘形科植物珊瑚菜的根，在每年7-9月時采挖，去除地上莖及須根，洗凈泥土，經開水燙後除去外皮，經烘曬制成。所以從本質上來說，它們是兩種不同的植物，這是最大的區別。
2、外形區別
它們既然是兩種不同的植物，從外形上看它們也有區別，南沙參株型比較高，葉片邊緣有鋸齒；而北沙參的株型較矮，而葉片邊緣沒有毛邊。另外它們外形最大的區別是，南沙參的花冠為藍色，而北沙參為紫色，極易分辨。而它們根系也有區別，南沙參又名大沙參、空沙參，其形粗大，質較疏松；而北沙參又名北條參、細條參，其形細長，質堅疏密。
3、性味區別
它們二者的性味也有壹定的區別，南沙參味甘，性微寒，而北沙參性味甘苦淡，涼。其中南沙參不宜與藜蘆同用，而北沙參則要註意風寒作嗽及肺胃虛寒者不宜服用。
4、功效區別
南沙參具有養陰清肺、益胃生津、化痰、益氣的功效，而據現代醫學研究發現它含有含生物堿、揮發油等成分，具有降低體溫、鎮痛、強心等作用。而北沙參具有養陰清肺、祛痰止咳的功效，它含有黃酮、皂甙等的成分，具有祛痰、強心等作用。從而功效上看它們二者功效相差不多，南沙參主要作用時補氣，適用於脾肺氣虛、倦怠乏力、食少者；而北沙參補益，適用於熱病後期或久病陰虛內熱者。