商品價值高的花椰菜花球質地致密，表面潔白，細小的花蕾呈顆粒狀，這樣的花球在市場上人人喜歡，不愁銷售；而有些花球不是顏色不對就是長相難看，這種長相不好的花球就是畸形的劣質花球。花椰菜根部畸形。根部畸形是病害導致的，受害的根部發病之後變得腫大，長出壹個腫瘤狀的東西，非常難看。主根、須根和側根均有染病的可能。花球生育時期對溫度的要求比較嚴格，最適溫度為24-18度，8度以下，花球生長緩慢，0度易受凍。高於24度時，大部分品種的花球易松散，變黃、畸形品質變劣。
冬季種植花菜，由於低溫和幹旱，花菜更易缺鈣和硼，易出現新生葉葉尖和葉緣幹枯，葉梗開裂，植株矮化，葉片色淺，花球出現水晶狀慢慢變為褐色腐敗。壹般露地發生比大棚重，大棚兩邊和門頭比中間重。苗床要田塊栽種前要選用敵磺鈉或五氯硝基苯等土壤處理藥劑進行常規消毒處理，出苗後及時通風降濕，白天溫度控制不超過28度，避免高溫高濕生長環境。雨水天濕氣重的時候容易引起莖基腐病，遇到這樣的時候要註意觀察，幾天噴壹次藥預防，如果不預防為主，等病情明顯了基本就來不及了。
皮層就很容易從莖稈上剝離下來，露出裏面呈暗黑色的木質部。此病僅限於植株的根和根莖部發生，並不隨維管束向上發展。但是根腐病的蔓延性很快，澆過水後，發病率隨之增加。葉緣開始枯焦焦，生長緩慢、在子葉期出現漚根，子葉即枯死。在某片葉期根腐，這片真葉就會枯焦。床溫長期處於12~14度之間，尤其是夜間的低溫，致生長點停止生長，致幼苗漚根而死。