接種納豆菌
將納豆芽孢桿菌溶於50毫升熱水中(溫度最好在38-45℃，溫度過高會殺死納豆芽孢桿菌)，均勻加入熱大豆中，快速攪拌均勻，裝入7個厚度約2厘米的泡沫飯盒中。用紗布覆蓋或在飯盒和飯盒蓋之間夾壹雙筷子，使其與空氣充分接觸。因為納豆菌是好氧菌，所以接觸空氣非常重要。但發酵後要蓋上蓋子，用膠帶封好口，避免與空氣接觸，有利於長期保存。
恒溫發酵14-36小時。
將幾個裝有50℃熱水的長方形塑料瓶放入幹凈的泡沫盒中，將接種了納豆菌的泡沫飯盒放在瓶子上。箱內理想溫度為42℃。如果箱內溫度降至38℃，用50℃的熱水更換瓶子。反復更換瓶中熱水，發酵14-36小時，大豆表面產生白色薄膜，出現粘絲後大豆變成納豆。如果沒有泡沫箱，也可以用大紙箱，周圍裹上被子和電褥子，或者在箱內插上45℃的燈泡，保持箱內溫度恒定。註意多接觸空氣。
後熟(活細菌的低溫休眠)
在38-42℃恒溫發酵14-36小時，然後放入冰箱低溫蒸煮數小時，制得的納豆外觀和口感會更好。因此，建議納豆在食用或長期存放前，先在冰箱中煮幾個小時。
生產密鑰
①保持38-42℃的恒溫。
(2)納豆芽孢桿菌應接種於熱大豆中(溫度以38-45℃為宜，溫度過高會殺死納豆芽孢桿菌)。