(2)決定嫁接親和力的因素:嫁接親和力是由植物系統發育過程中形成的遺傳、解剖、生理、生化及生理功能協調性的差異決定的，同時也受病毒的影響。①親和力，親和力與植物分類的親和力有關。親緣關系越近的親緣關系越好，同壹品種或種之間的親緣關系最強，如嫁接在國光蘋果上的富士蘋果，嫁接在早蜜蟠桃上的揚州早甜桃等等。同壹屬的不同種之間的親和力因果樹的種類而異，例如不同種的蘋果、不同種的梨、嫁接在酸橙上的甜橙、嫁接在山桃上的桃子、嫁接在帝王蝶上的柿子都有很好的親和力。同科不同屬間的親緣關系壹般較小，生產上多采用嫁接的果樹，如榅桲嫁接梨樹，枳嫁接柑桔，石南嫁接枇杷等。同壹屬之間也有少數不親和的現象，如溫州蜜柑與其酸橙，歐洲甜櫻桃與其野豆。根據王·(1996)的研究，甜柿不同品種對砧木的要求有明顯的差異。絕大多數品種的不完全甜柿，除禪寺丸外，還有兩個品種的完全甜柿，次郎和花雨所，對砧木的適應性較強，與君千子或69、56號野生柿的嫁接親和力較好。完全甜柿豐富，伊豆，松本出生早，前川二郎，壹邊二郎和君千子合不來。利用標準葉的輸出c和葡萄糖在砧節上下部分的分布率，砧節下部的放射性最強。
砧木與穗結合部以下放射性與親和性的關系
77號野柿次之，軍千子最弱。同壹物種不同生態型的嫁接親和力有時是不同的。蒙山甜茶和泰山海棠是湖北海棠的兩個生態型。蒙山甜茶是沙地蘋果的優良砧木，而泰山海棠與蘋果親和力差，表現為嫁接芽發芽不好或發芽後相繼死亡。同壹地區不同類型的親緣關系也不同，紅秋海棠和黃秋海棠兩種類型對蘋果的親緣關系也有顯著差異。但親緣關系並不完全壹致，不同屬之間也存在較強的嫁接親緣關系。例如，不同屬的蜜柑橙和苦橙之間的親和力較好，而同壹屬的蜜柑和酸橙之間的親和力較差。同壹砧木上嫁接的同壹物種的不同品種具有不同的親和力，當砧木和接穗互換時，它們的親和力也發生變化。比如國外的梨嫁接在榅桲上，日本的栗子嫁接在中國的栗子上，中國的李子嫁接在歐洲的李子上，都是完全親和的，砧木和接穗互換嫁接，親和力不好。
②砧木和接穗的親和性與解剖結構的關系。砧木和接穗在結構上相互適應，組織連接緊密，愈合成活過程順利的地方，親和力高。如果韌皮部連接不好，營養物質分布不正常；或者木質部導管連接不好，阻礙了水分和礦物質的運輸；或者嫁接後愈傷組織薄壁細胞太弱或根本不透水，使接穗失水枯萎；或者砧木與接穗切口之間的隔離層過厚，無法愈合或只有小面積愈合，砧木與接穗的連接脆弱，最終斷裂。砧木和接穗兩側形成層薄壁細胞大小和組織結構的相似性是決定親和性的重要原因之壹。壹般通過砧木和接穗兩側最小細胞大小的相似性和形成層細胞生長速度和生長周期的相容性來推斷親緣關系。砧木韌皮部組織不接合，導致根系死亡，這是嫁接在馬裏安娜·李砧木上的桃樹不親和的原因。砧木與砧木細胞壁不相連，或僅有交錯紋理，是西洋梨嫁接榅桲不親和組合的表現。在後期的不親和中，黑色的死木栓組織(黑核桃與核桃嫁接)或不完全接合，中間充滿薄壁組織，生長不良等。(梨嫁接在蘋果砧木上)經常見到。
③親和性與砧木和接穗生理生化反應的關系，砧木和接穗在吸收、制造、代謝和酶活性上的差異也會造成砧木和接穗的不親和性。如果砧木的壹方不能產生另壹方生存所需的酶，或者產生抑制或毒害另壹方某種酶活性的物質，就會阻礙甚至中斷生理活動。梨嫁接在榅桲上時，砧木與穗部過氧化氫酶活性差異較小(0.1 ~ 1.5)，親和力較好，而差異過大(> 1.0)，親和力較差。不同砧木和接穗組合的蘋果，韌皮部蛋白質和酶相似時，親和力強。砧木的滲透壓也影響親和力。高滲透壓的砧木與低滲透壓的接穗嫁接，沒有生理異常。比如西洋梨在用砧木的情況下長勢很好，而秋梨和豆梨表現不好，因為西洋梨的接穗滲透壓高。砧木和接穗的代謝速率和代謝產物也會影響親和力。比如砧木和接穗氮磷代謝紊亂，導致蛋白質抗性和死亡，或者代謝過程中產生樹脂、單寧或其他有毒物質，阻礙愈合。在梨和榅桲的嫁接中，榅桲根中所含的櫻桃苷進入梨接穗，分解成氰氫酸，可破壞形成層和界面上部的韌皮部，阻礙砧木水分和養分的運輸，導致植株死亡。不同的梨品種分解櫻桃苷的能力不同，所以親和力也不同。如果砧木吸收了過多的無機鹽，超過了接穗的耐受量，也會導致接穗死亡。比如中國板栗嫁接日本板栗，日本板栗吸收無機鹽過多，導致不兼容。
④親和力與病毒的關系在新砧木類型和類型的應用中，許多嫁接成活失敗或成活後生長不良甚至死亡，無融合生殖的幼苗與許多品種的接穗不親和，高感，都是因為對帶病毒的接穗非常敏感；如果砧木攜帶病毒，嫁接無融合生殖的接穗材料後，同壹接穗會拮抗砧木病毒，仍然會逐漸死亡。上述情況表明，蘋果屬植物種間的嫁接親和力與染色體倍性差異無關。壹般接穗是二倍體，而無融合生殖的砧木是多倍體。比如湖北海棠有三倍體和四倍體，錫金海棠是三倍體。在生產實踐中，蘋果嫁接後2 ~ 3年，部分植株長勢變弱，樹皮開裂，木質部壞死或出現痘斑，這是壹種由病毒傳入的高度侵染性病害。核桃以黑核桃為砧木，在接合處產生黑線而死亡，是由櫻桃曲葉病毒引起的。柑橘衰退病是壹種毀滅性的病毒病，甜橙和其他壹些橙子嫁接在酸橙上。這是因為甜橙攜帶病毒，對病毒過敏。這種疾病導致南非、北美和加利福尼亞放棄了適合當地土壤條件的石灰作為砧木。當接穗被感染時，這種疾病不會表現出癥狀。當病毒進入根莖後，組織壞死，阻礙養分運輸，使植株死亡。如果接穗摘除，砧木即使感染也會恢復，以後還可以嫁接其他品種。這才是病毒造成的真正的不兼容。但是，並不是所有感染病毒的人都會產生不相容性。日本溫州蜜柑幾乎所有品種都感染病毒，但溫州蜜柑的砧木對病毒有抵抗力，所以不受傷害，生長結果正常。
(3)克服不相容性的方法。嫁接不親和的原因至今還沒有完全弄清楚，但在生產中有壹些克服不親和的方法。當嫁接組合不相容時，可用砧木與接穗相容的砧木橋接，或在植株旁種植接穗相容的實生砧木，接穗成活後對接，使實生砧木生長至根系維持接穗品種正常生長結果。雙嫁接是克服嫁接不親和性的常用方法。如有的西洋梨品種互不親和，選擇親和性好的西洋梨作為中間砧進行雙嫁接，可以克服這種不親和性。對於病毒引起的不親和性，可以通過去除接穗和砧木中阻礙親和性的病毒來克服嫁接的不親和性現象。還可以利用高溫脫毒法和莖尖培養法，在嫁接前分別對感染的砧木和接穗進行脫毒。