發展目標
崇明的發展要以科學發展觀為指導，按照構建社會主義和諧社會的要求，圍繞建設現代化生態島的總體目標，大力實施科教興縣的主體戰略，堅持三島功能、產業、人口、基礎設施聯動，分別建設綜合生態島、海洋裝備島和生態休閑島， 依靠科技創新，推進循環經濟，發展生態產業，努力把崇明建設成為環境和諧優美、資源集約利用、經濟社會協調發展的現代化生態島。
機能定位
崇明島的功能定位圍繞世界級生態島的總體目標，主要體現在以下六個方面:
1，森林花園島。形成以長江口濕地保護區、國際候鳥保護區、平原森林和河口水系為主體的生態涵養功能。
2.生態棲島。形成布局合理、環境優雅、交通便利、文化先進的生態居住功能。
3.休閑度假島。形成以休閑度假、體育娛樂、療養、培訓、會展為主體的生態旅遊功能。
4.綠色食品島。形成以有機農產品、特色養殖業、綠色食品加工業為主體的生態農業功能。
5.海洋裝備島。形成以現代造船和港口機械制造為主體的海洋經濟功能。
6、科技科研創新島。形成以總部辦公、科研開發、國際教育和咨詢論壇為主體的知識型經濟功能。
整體空間布局
按照生態崇明的總體目標和功能定位，統籌三島空間布局。
崇明島綜合體現了“長江入口處的綠色島嶼，人與自然和諧發展”。規劃建設用地約207平方公裏，占全島陸地面積的16.8%。
長興島是以現代造船和港口機械制造為特色的沿海工業島。規劃城市建設用地約31平方公裏，占全島面積的38.8%。
橫沙島是壹個以休閑度假為特色的旅遊度假島。規劃城市建設用地約6.4平方公裏，占海島面積的12.3%。
七個功能分區
按照“統壹規劃、資源整合、優勢互補、協調發展”的要求，崇明分為七大功能區:
崇東街道:以生態居住、休閑運動、國際教育為主的科教產業集聚區和門戶景觀區。
崇南街道:田園新城，人口集中的新城。
崇西片區:以國際會議和湖畔度假為主的鏡湖世博展區。
崇北街道:以生態農業為主的大型農業區和戰略儲備區。
崇中片區:中心林區，主要為森林度假休閑居住區。
長興區:海洋裝備之島，以造船和港口機械制造為主。
橫沙分區:以休閑度假為特色的生態旅遊度假區。
工業發展規劃
按照建設生態島的總體目標，積極創造條件，逐步實現三次產業融合發展。崇明工業發展的重點是:
休閑旅遊和戶外運動產業
重點發展戶外度假運動基地、大型主題公園、度假療養中心、國際郵輪、長江遊艇靠泊港口和農家樂旅遊。
生態現代農業
大力推進高效生態農業現代農業，重點發展綠色養殖和觀光農業，建設明珠湖生態觀光園、東平國家森林公園、前衛村生態農業示範區三大觀光農業基地。
自然現代辦公服務業
崇明擁有上海最接近自然的良好生態環境，有條件打造上海現代服務業高地，吸引國際組織和跨國公司總部進駐。主要發展方向包括跨國公司總部、R&D中心、國際組織所在地、國際高等教育區、商業展覽設施等。
清潔工業
倡導循環經濟，推進清潔生產。以長興島為重點發展造船和港口機械制造業，拓展海洋裝備產業發展空間；依托現代農業園區，利用自然資源優勢發展綠色食品加工業；依托綠色工業園，以現代生態理念發展技術密集型產業；依托市級工業園區，發展能夠創造更多就業崗位的城市產業。
市政基礎設施規劃
綜合交通規劃
形成“三島聯動、內外融合、模式多樣、各具特色”的生態化現代綜合交通體系。
以上海長江隧道和大橋建設為契機，加快建設陸路交通幹線網絡和重點城鎮現代交通樞紐。
1，公路網規劃
規劃崇明將建設滬崇高速公路，同時設置3個對外出入口，分別是崇明島南部至長興島至浦東的上海長江隧道大橋、崇明島北部至江蘇啟東的崇啟大橋、崇海大橋至江蘇海門。計劃通過高速公路和主幹道將三島之間溝通成“工”字形主幹道；崇明島已形成“壹環三橫十五縱”的公路網；長興島公路網構成十字形幹線公路骨架，並進壹步形成特色鮮明的“魚骨”狀格局；橫沙島公路形成“壹環+十字”的結構。
2.軌道交通規劃
根據上海市軌道交通系統規劃，軌道交通9號線將與上海長江隧道大橋壹起經長興島延伸至崇明島的陳嘉鎮和橫沙島。此外，規劃預留軌道交通1線接駁程橋新城。
3.水路交通規劃
進壹步完善和發展南門、堡鎮、新河、奚家崗、馬家鎮、橫沙港與上海市區之間的水上渡船，同步發展三島之間的水上客渡船。在長興島建設中心漁港。擬在程橋新城、陳家鎮、橫沙島設置旅遊碼頭。在新河港設立集裝箱碼頭。
4.空中交通規劃
崇明島有壹個軍用機場，可以適時發展成軍民合用機場。擬在陳家鎮、明珠湖休閑度假區、橫沙島北側設置直升機起降點，滿足特定需求。
供水設施規劃
規劃建設程橋、堡鎮、陳家鎮、湧北、湧西、長興六個水廠。擬在長興島西側建設青草沙水庫，作為上海市主要水源之壹，滿足三島供水，並向市區提供原水。
排水設施規劃
按照“集中處理與分散處理相結合”的原則，規劃劃分了9個處理區。建設程橋、鳳凰等5座汙水處理廠和沖北、東灘等4個濕地汙水處理系統。