艾欣醫院慈善項目管理處以艾欣醫院為依托，積極配合農工黨地方組織，在全國開展下肢靜脈曲張、宮頸癌、乳腺癌、兒童先天性心臟病、兒童腦癱、尿毒癥等疾病的普查和救助活動。通過醫療設備捐贈、幫助貼息融資、資助醫療設施等公益項目。為艾欣醫院提供了實實在在的幫助，提升了醫療救援能力和服務水平。
2006年7月31日，中國初級衛生保健基金會佑安肝病/艾滋病基金由中國初級衛生保健基金會和首都醫科大學附屬北京佑安醫院共同發起設立。其宗旨是積極開展肝病與艾滋病普查與教育活動，廣泛普及肝病與艾滋病防治知識，開展肝病與艾滋病防治專題研究，構建肝病與艾滋病防控體系，幫助貧困患者，改變我國肝病大國的面貌。遠離乙肝，健康中國。
為響應國家提出的“人人享有基本醫療衛生服務”的號召，促進我國公益事業的發展，中國初級衛生保健基金會與陜西東泰藥業股份有限公司共同發起設立“中國初級衛生保健基金會東泰乙肝防治救助專項基金”，在全國範圍內開展培訓、群眾普查、 治療與救助、科學研究，以“遠離乙肝健康中國”為主題，旨在宣傳乙肝預防與救助知識； 降低乙肝感染率；幫助弱勢群體患者的公益活動。
指定醫院發展基金管理辦公室
中國初級衛生保健基金會定點醫院發展基金管理辦公室(原基金會定點醫院管理局)實施“中國健康扶貧項目定點醫院”項目，是中國初級衛生保健基金會重點實施項目之壹。