研究表明，納豆的保健功能主要與納豆激酶、納豆異黃酮、皂甙、維生素K2等多種功能因子有關。
納豆富含皂甙元，可改善便秘、降血脂、預防大腸癌、降低膽固醇、軟化血管、預防高血壓和動脈硬化、抑制艾滋病病毒。納豆中含有遊離異黃酮和多種對人體有益的酶，如超氧化物歧化酶、過氧化氫酶、蛋白酶、澱粉酶、脂肪酶等。，可以清除體內的致癌物質，提高記憶力，保肝養顏，延緩衰老，提高食物的消化能力。攝入納豆芽孢桿菌活菌可調節腸道菌群平衡，預防痢疾、腸炎、便秘，其效果在某些方面優於常用的乳酸菌微生態制劑。納豆發酵產生的粘稠物質，包裹在胃腸粘膜表面，因此有保護胃腸道，減輕飲酒時醉酒的作用。
最新研究還表明，納豆對引起大規模食物中毒的“罪魁禍首”致病性大腸桿菌O157的發展有很強的抑制作用。這個新理論是由日本宮崎醫科大學的西山麗洋子教授發表的，他被稱為“納豆博士”。在“實驗室的實驗結果有限，但納豆能抑制大腸桿菌0157發展的原理尚未闡明”的前提下，楊航教授指出，納豆中所含的食用菌能阻礙許多菌株的繁殖，因此也應抑制大腸桿菌0157。
1，納豆的抗菌作用；
致病性大腸桿菌O-157濫用日本，大家記憶猶新。那時候有孩子的媽媽特別害怕。後來人們逐漸發現納豆對O-157的獨特作用。"納豆菌可以抑制腸道致病菌的生長."曾幾何時，人們知道納豆具有極佳的抗菌抗病毒作用。這壹次，再次證明了納豆的功效。
納豆雖然是生的，但是放在冷庫裏壹個月也不會壞，不會發黴。這是因為納豆菌可以抑制腐敗菌和黴菌的生長。而且納豆菌壹旦進入大腸，會起到和乳酸菌壹樣的作用，保護腸胃，預防腸道病毒。
2.納豆的降血壓作用:
高血壓和高膽固醇血癥壹樣，是常見的成人疾病之壹。高血壓的發生與體質和內臟疾病有關。飲食對血壓也有很大影響。尤其要註意控制鹽的攝入量。那麽，在飲食上如何註意預防高血壓呢？其實納豆有預防高血壓的作用(當然註意不要在納豆裏放太多醬油，以免攝入過多的鹽)。
從醫學角度來說，在調節血壓的物質中，讓血壓升高的是壹種叫做血管緊張素ⅱ的物質。納豆會阻礙它的產生。另外，最近的報道顯示納豆可以預防和治療癌癥，這讓人們越來越不能忽視納豆的功效。
3.溶解血栓
1982日本豐崎醫科大學西本教授在比較了230多種食物後，發現只有納豆類食物含有高濃度的溶血栓成分。他把腦血栓患者經常服用的溶栓藥物放在定量的人工血栓上，壹個晚上就能完全溶解，而用同樣的方法更換壹個納豆食品，只需要三個小時。
4.預防飛蚊癥
納豆菌食品對眼睛有非常好的保健作用。它不僅能凈化血液，溶解堵塞在眼球微血管中的血栓，還能減少膽固醇在血管壁的堆積。此外，它還有利於預防白內障。
5.降低膽固醇，預防動脈粥樣硬化。
動物實驗證實，納豆食品可以抑制血液中LDL氧化，有效降低總膽固醇和甘油三酯的濃度，進而減少動脈粥樣硬化疾病的發生。推測納豆食品具有這些功效是因為其抗氧化成分含量較高。
6.納豆的減肥效果:
油鹽是從日本獨特的傳統食品納豆中提取的有效生物成分。納豆中的粘蛋白是由谷氨酸多肽組成的特殊結構，具有與膳食纖維相似的功能。在人體腸道內不被吸收，吸水率高於膳食纖維，與膳食纖維壹起膨脹，減少人體對脂肪的吸收。此外，納豆中的維生素K2支持體內脂肪燃燒，防止脂肪在體內堆積，從而實現健康減肥的新概念。