廣東藥科大學雲浮校區位於雲浮市雲浮新區，占地2300畝，總建築規模36.56萬平方米。雲浮校區緊密結合國家、廣東省和雲浮市的戰略發展需求，主要圍繞醫療服務、醫藥制造、中藥種植、健康養老、中醫養生、文化休閑旅遊等區域健康產業，突出中醫藥特色，突出南藥資源優勢，開展高層次人才培養、科學研究、產業發展和技術改造，為支撐國家、廣東省和雲浮市健康產業發展提供人才、技術和智力保障。2018秋季開始招生，校區內設中醫學院、中藥資源學院、護理學院、衛生學院、醫學信息工程學院五個學院。
中山校區
廣東藥科大學中山校區位於風景如畫的中山市五桂山風景區，是偉大的孫曼·孫中山先生的故鄉，自然環境得天獨厚。校園占地2000畝，環境優美，功能齊全。緊密結合區域產業發展需求，學校重點發展本校區的醫學、化工、食品工程等學科，是學校培養藥學相關專業人才的校區。校園內有食品科學學院、醫藥化工學院、醫藥商學院等。，設有藥事管理、中藥學、中藥資源與開發、食品質量與安全、食品科學與工程、醫藥化工、醫藥貿易、醫學信息工程等多個專業和專業方向。
廣州校區赤崗校區
廣東藥科大學廣州校區赤崗校區位於廣州市海珠區赤崗江海大道。校園占地80余畝，以醫學教育為主。校園設有公共衛生學院、臨床醫學院、護理學院和衛生學院等。，並設有預防醫學、衛生檢驗檢疫、臨床醫學、中醫學、醫學檢驗技術、護理、康復治療、健康服務與管理等8個專業和專業方向。
廣州校區寶崗校區
廣東藥科大學廣州校區寶崗校區位於廣州市海珠區。是學校承擔成人學歷教育和教育培訓的校區。現有成人全日制、業余和函授教育，開設藥學、中醫、臨床醫學、護理、預防醫學等專業和方向；此外，還有江門、陽江、湛江、連州、梅州、佛山、珠海、廣寧、東莞、黃埔、惠州、肇慶、吳川等多個校外教學點。校區還設有直屬門診部。