南大是國內壹流大學，優勢專業是基礎理論學科，尤其是基礎理論科學和邊緣學科。南大人文比較薄弱。
東南大學-優秀專業:建築學、土木工程、計算機科學與技術、信息與計算科學、電氣工程及其自動化(含電力自動化、電子自動化、機械自動化)、電力與熱能、控制與遠程控制、機電壹體化、光信息科學與技術、生物醫學工程。
東大建築系全國頂尖，堪比同濟和清華。東大的理工科，尤其是應用工程很強。
南京理工大學-優秀專業:機械設計、制造及其自動化、電氣工程及其自動化、信息工程、應用化學、高分子材料。
南京航空航天大學-優秀專業:飛機制造、飛機環境工程、信息工程技術、交通運輸與車輛制造。
南工大的優勢和南航差不多，但是南工大的材料科學更好，南航的機械工業更好。
中國藥科大學，最好的藥學高等學府，畢業生。這個學校就是傳說中的南醫大，每個專業都是經典。全國50%以上的藥學人才都來自這裏。
南京農業大學。優秀專業——生物技術、生物科學、農學、園藝學、中醫學、環境保護、生態學、農業資源與農業環境、農業經濟。
南方農業大學在農業院校中僅次於中國農業大學。
南京師範大學-優秀專業-法學、國際經濟法、應用心理學、漢語言文學(中文)、教育學、對外漢語教學、編輯出版學。
南師大的文科和人文學科比較好，心理學在全國水平僅次於北師大，與華師大、北大、浙大齊名。