首先，各種食品添加劑都可以通過生物技術制成，不影響食品的營養價值，具有防止食品腐敗變質和增強食品感官特性的作用。如發酵工程生產的檸檬酸，打破了傳統發酸劑只有醋和乳酸的局面，成為現代食品工業中第壹種食用發酸劑。此外，發酵工程生產的L-蘋果酸是國際食品工業公認的安全食品添加劑，是加工果醬、果汁、飲料、糖果等的首選酸味劑之壹。在甜味劑的生產中，酶工程法合成的天冬酰胺比以往的化學合成法有兩個優點:不產生苦味副產物，從而省略了純化過程；原材料消耗減少，可節約30%左右。通過發酵工程制造的新鮮味劑包括尿苷酸和肌苷酸。當它們與傳統鮮味劑谷氨酸壹鈉混合時，鮮味可成倍提高。
其次，酶技術在食品加工中發揮著巨大的作用。例如，酶技術可以通過在肉的表面塗抹酶或用酶溶液浸泡肉，或者在宰殺動物之前將酶註射到肌肉中來嫩化肉，從而使牛肉和其他質地較差的肉變軟變嫩。酶技術在乳品工業中的巨大作用有:在奶粉中添加蛋清溶菌酶，可以預防嬰兒腸道感染，彌補牛奶中不良成分的不足；在乳品加工中添加適量的脂肪酶可以增加黃油的風味，從而節省黃油的用量，改善風味；牛奶經乳糖酶處理後，不甜、難消化、飲用後易引起腹瀉、腹痛的乳糖被分解成可吸收的有用物質。在面包中加入酵素，可以使面包的毛孔變細，分布均勻，從而使面包體積大，彈性好，色澤好；釀造啤酒時，加入中性蛋白酶可以分解原料中的蛋白質，從而增加麥汁中的氨基酸含量。在白酒生產中用糖化酶代替酒曲，可以提高出酒率，節約糧食，簡化設備，節約土地。
最後，在食品衛生方面，生物技術也做出了新的貢獻。食品上市前，檢疫部門必須嚴格檢查微生物及其毒素的汙染情況，但這種檢查往往需要很長時間，利用生物技術可以快速準確地進行檢查。其中常用的有酶免疫法、放射免疫法、單克隆抗體法和DNA探針法。此外，生物技術在食物解毒方面也發揮了巨大作用。例如，使用微生物處理可以去除油菜籽、芥菜籽和蘿蔔籽中的糖苷(可導致甲狀腺腫的毒物)，增加這些油的香味和氨基酸含量；在豆制品中加入壹種酶，可以去除食用後會引起脹氣、嘔吐、腹瀉的毒低聚糖。
總之，生物技術不僅可以開發新的食品資源，而且對提高食品質量具有重要意義。它在食品工業中發揮著巨大的作用，將有助於解決食品問題和提高食品質量。