(1)辦公室(應急管理辦公室)
負責文電、會議、機要、檔案、財務等機關的日常運行；承擔匯編記錄、信息、保密和信訪工作；承辦新聞發布和政務公開工作；承擔重大農業突發事件綜合應急管理和行政審批相關工作；牽頭協調辦公系統和農業行業的安全生產工作。
(2)組織人事部門
承辦機關和直屬單位的人事管理和機構設置；承擔自治區農業職業技能開發；參與農村實用人才培訓項目的相關工作；會同有關主管部門，依法實施自治區農業農村人才專業技術資格和資格管理；承辦辦公室主管社會組織。
(3)產業政策法規處(自治區農業執法監督局)
組織擬訂自治區農業產業政策，提出保護和發展農業產業的政策建議；組織開展自治區農業和農村經濟重大問題的研究，提出深化農村經濟體制改革的建議；承擔農業和農村經濟地方性法規的起草和執法監督工作；指導自治區農業行政執法體系建設；承辦農業行政復議；承擔機關規範性文件的合法性審核。
(4)市場和經濟信息辦公室
對自治區大宗農產品和重要農業生產資料的流通和價格政策提出建議；擬訂自治區農業和農村經濟信息系統、大宗農產品市場體系建設規劃並組織實施；監測和分析自治區農業和農村經濟運行情況；承擔自治區農業統計工作，發布農業和農村經濟信息，指導農業信息服務；擬定自治區農產品營銷推廣發展規劃，承辦國際國內農業展會。承擔自治區農產品品牌培育、保護和發展的相關工作；組織協調菜籃子工程；參與制定自治區農產品質量安全監管的法律、法規和規章；制定自治區農產品質量安全發展戰略、規劃和計劃並組織實施；組織農產品質量安全風險評估；率先開展農業標準化；承擔農產品質量安全監測和信息發布工作；指導自治區農業檢驗檢測體系建設和機構評估工作；依法承擔符合安全標準的農產品認證和監督管理相關工作。
(五)計劃財務部(農業項目審核管理辦公室、農業援助辦公室)
擬訂自治區農業和農村經濟發展戰略、中長期發展規劃，並編制年度計劃；提出自治區農業和農村經濟發展的相關政策建議；組織全區農業資源區劃和遙感監測；研究提出自治區主要農產品進出口政策建議；指導自治區農業結構調整；承辦自治區農業固定資產投資的相關工作；承擔自治區農業綜合開發項目組織實施的相關工作；提出支持自治區農業農村發展的信貸、保險等相關政策建議；編制部門預算並組織實施；承擔提出支持自治區農業農村發展的金融政策和項目建議，經批準後會同財政部門制定實施方案並指導實施；指導和監督系統財務、國有資產和政府集中采購管理工作；組織內部審計；指導自治區農業項目的管理和檢查；承擔對新疆農業援助的綜合協調工作。
(六)科技教育廳(自治區外來物種管理辦公室)
承擔自治區農業科技創新體系和產業技術體系建設的相關工作；承擔自治區農業科學研究、技術引進、成果轉化和推廣工作；組織農民就業技能和農村勞動力轉移就業培訓；承擔自治區農業植物新品種保護、農業轉基因生物生產加工許可和安全監督管理工作；指導自治區農業生物物種資源的保護和管理；承擔外來物種管理的相關工作；指導自治區的農業教育。
(7)種植管理處
制定自治區種植業發展的政策、規劃和計劃並組織實施；指導自治區種植業結構和布局調整及標準化生產；承擔自治區耕地質量管理和節水農業發展的相關工作；發布自治區農業信息，組織救災和救災種子等生產資料的儲存和調撥；承擔種子(種苗)的審定和肥料、農藥的登記、監督管理；組織實施農作物遺傳資源保護；承辦區內外植物檢疫事宜；組織植物檢疫性有害生物普查；承擔自治區重大農作物病蟲害防治工作。
(8)園藝專業部
擬訂自治區設施農業發展規劃和計劃並組織實施；指導和宏觀管理自治區設施農業生產和基地建設，提出發展設施農業的政策建議；指導自治區特色作物、蠶桑、養蜂、花卉生產和結構布局調整；制定特色作物、蠶桑、養蜂、花卉生產發展規劃，並指導實施。(九)農產品質量安全監督管理部門
參與制定自治區農產品質量安全監管的法律、法規和規章；制定自治區農產品質量安全發展戰略、規劃和計劃並組織實施；組織農產品質量安全風險評估；率先開展農業標準化；承擔農產品質量安全監測和信息發布工作；指導自治區農業檢驗檢測體系建設和機構評估工作；依法承擔符合安全標準的農產品認證和監督管理相關工作。
(10)對外經濟合作辦公室
擬訂自治區農業對外開放的長遠規劃和相關政策；提出促進外向型農業發展的政策建議並組織實施。承辦自治區涉外農業事務；承辦自治區農業貿易促進和對外經濟技術交流與合作；承辦自治區農業對外援助的有關事宜；承擔自治區實施的國際合作農業項目的協調和管理工作；承擔有關國際公約和協定的執行工作。
(十壹)農村環境保護和能源開發司
制定自治區農村環境保護和能源發展規劃並組織實施；承擔自治區農業資源和環境保護的綜合協調、監督和管理工作；擬訂自治區農業生態建設規劃並組織實施；指導農村可再生能源的綜合開發利用；指導自治區生態農業、循環農業和農業生物質產業的發展；指導農業面源汙染治理和農業農村節能減排。
機關黨委負責機關黨群工作，指導機關直屬單位黨群工作。
監察室(與紀檢組合署辦公)是自治區紀委(監察廳)的派駐機構，負責機關和直屬單位的紀檢監察和行政監察工作。
離退休幹部辦公室負責機關離退休幹部工作，指導直屬單位離退休幹部工作。