腦垂體分泌激素，激素決定魚壹生中色素的產生和沈積，特別是在性成熟階段。當魚處於發情期時，魚色素的出現和沈積通常會大大增加。
許多物種用身體顏色來偽裝或吸引配偶。葉蟬科因其雄性成魚的鮮艷顏色而廣為人知。
當遇到外界刺激時，比如缸內其他兇猛捕食者的攻擊或入侵，魚的自主神經系統會自動調整快速變化的體色來適應這種刺激。見過魚的人都知道，這種體色的變化有時甚至可以在壹瞬間發生。
每種特定的色素都含有色素體細胞，位於鱗片正下方。這些細胞分叉，可使色素顆粒沿表皮聚集和分散。這些色素細胞是魚類有時能快速改變體色的根源。
另壹方面，特定的色素體含有結晶無色的嘌呤，我們稱之為虹彩細胞。這些無色的晶狀體太大，無法在虹彩細胞中移動，但它們的積累有利於形成魚類反射和顏色結構的基礎。
虹彩細胞會反射出銀色的光澤，特別是對於壹些生活在海洋中的小魚。這些細胞起著小鏡子的作用，還有壹種逆向攝片的功能，使魚從上面看是暗的，從下面看是亮的，有利於避開天敵的註意。
顏料的特征在於它們的色譜。比如胡蘿蔔素的顏色是紅色或橙色，葉黃素的顏色是黃色，黑色素的顏色是黑色或棕色，藻藍蛋白的藍色來自藍綠藻的色譜。
比如將含有黃色素的細胞覆蓋在含有藍色素的細胞上，整體顏色就會是綠色。魚本身可以產生壹些色素，但其他的色素必須通過食物的攝入來獲得。黑色和棕色是由黑色素細胞產生的。
魚本身是不能產生色素的！對於大多數魚類來說，自然界的各種色素都可以從它們的食物中獲得。著色誘餌含有額外的天然色素，以促進觀賞魚的著色。從大多數海鮮和其他淡水無脊椎動物中提取的胡蘿蔔素被稱為“蝦紅素”。這種色素的特點是鮮肉的顏色(三文魚肉的顏色)，可以從壹些蝦、磷蝦或三文魚肉中獲得，添加到餌料中補充蛋白質。可以在飼料中添加純天然的“蝦番茄紅素”或“4-4'-二酮-β-胡蘿蔔素”(壹種人工合成的“蝦番茄紅素”)來促進紅色或橙色的發色。這些胡蘿蔔素通常也混合到農場彩色飼料中，以改善鮭魚和鱒魚肉的顏色(使其呈現誘人的紅色)。葉黃素(黃色素)可從玉米皮粉或蛋黃粉中提取，與飼料混合時可增強黃色。匍匐金盞花科的花瓣也可以用來提取葉黃素。藍綠色藻色的螺旋藻富含藻藍蛋白，可以用來增強藍藻的發色。由於這些色素的成本，熱帶魚飼料中這些色素的用量通常是有限的。這些天然色素的著色機理明顯不同於通常用於熱帶魚著色的傳統方法。
關於觀賞魚上色的討論，如果完全忽略魚的人工染色上色，在餌料中添加激素，是不完整的。將原本無色的魚(如玻璃魚)染色的行為已經越來越普遍。彩染雖然沒有毒性，但是在搬運、漂染、運輸過程中給魚帶來了緊迫感。通常容易引發疾病。這種魚容易引起ICH(白斑病，小瓜病)和真菌感染。染色魚的顏色會在未來的某個時候剝落，魚會恢復原狀。這無疑會讓那些原本在魚的顏色上花了很多錢的人非常惱火。給無色的魚染色最近變得非常普遍。生活在含有染料成分的水中的魚也可能引起上述疾病。激素會造成魚提前發育成熟的假象，達到增色的效果。飼料中的睪酮很可能導致魚類色素體中的色素過早沈積而出現。在這種狀態下，褐色的幼魚應該已經出現了。這時候也就顯出了成魚的顏色。使用過激素的魚通常都是雄性不育的，它們需要不間斷地攝入激素來維持體色。幼魚的性別通常很難區分，激素尤其是睪酮的攝入會讓所有的幼魚都變成雄性。無節制地使用睪丸激素會使魚不育，魚本身的激素分泌也會停止，所以當外來激素的攝入終止時，就很難維持魚的體色。飼料中摻入激素確實有其合理的商業價值，例如，它被用於羅非魚(Oreochromis spp .).羅非魚的生長因性成熟早而受阻，即這種慈鯛通常在體型仍符合市場要求時進入性成熟。如果讓羅非魚自然發育繁殖，養殖戶最終得到的是大小不壹、生長受阻的整個池塘，飼料中的所有營養成分都變成了組合體(卵子和精子)，而不是肉。飼料裏混的激素會讓整個池塘的魚都變成“雄魚”，這種飼料因為雄魚長得快，所以含有睪丸素。這種含激素的魚飼料有助於幼魚的快速生長，已被美國食品藥品監督管理局FDA批準。這種飼料在觀賞魚養殖場或普通魚友中還沒有廣泛使用，只是少量用在壹些成熟的魚上出售，目的是增強顏色效果，而且這種魚也只是為了觀賞。除了在買魚的時候提高警惕，沒有什麽特別的方法可以鑒別壹條魚是否被餵過激素。如果魚看起來太完美，讓妳難以相信，那可能就是魚。
水質對觀賞魚的毛色也有輔助作用。水質不好會讓魚有緊迫感，會讓魚的體色暗淡。高效的生化過濾系統和定期(至少每隔壹周)換水將為魚創造壹個良好的環境，以充分展示其體色。