人體上寄生的囊尾蚴數量可從1到數千個不等；寄生地點很廣。囊蟲病好發於皮下組織、肌肉、腦、眼，其次是心、舌、口、肝、肺、腹膜、上唇、乳腺、子宮、神經鞘、骨。寄生在不同部位的囊尾蚴的大小和形態也不同。疏松結締組織和腦室內的囊蟲病多為圓形，大小約5 ~ 8mm；肌肉略微拉長；腦中長2.5mm，可有分支或葡萄狀突起，稱為葡萄型囊蟲病。
人體囊蟲病按其主要寄生部位可分為三類:1。皮下和肌肉囊蟲病囊蟲病位於皮膚下或粘膜下層，在肌肉中，形成結節。數字的範圍從1到千。軀幹和頭部多，四肢少。結節在皮下呈圓形或橢圓形，約0.5 ~ 1.5 cm，硬度與軟骨相近，手可觸及，與皮下組織無粘連和壓痛。常成批出現，可自行逐漸消失。輕度感染時可以無癥狀。寄生蟲數量較多時，可能會感到肌肉酸痛、無力、腫脹、麻木或假性肌胎病。
2.腦囊蟲病由於腦囊蟲病在腦內的寄生部位和感染程度不同，以及囊蟲病本身的情況和宿主對寄生蟲的反應不同，所以腦囊蟲病的臨床癥狀極其復雜，可以無癥狀，但有的可引起猝死。通常病程緩慢，囊蟲病發病時間從1個月到1年，最長30年。癲癇發作、顱內壓增高和精神癥狀是腦囊蟲病的三大主要癥狀，其中癲癇發作最為常見。資料顯示，1590例腦囊蟲病患者中，61%有癲癇發作。腦實質、蛛網膜下腔和腦室內寄生的囊蟲病可使顱內壓增高；對315例腦囊蟲病患者進行腰椎穿刺，發現38.4%患者顱內壓增高。神經系統疾病和腦血流障礙的癥狀如記憶力減退、視力下降和精神癥狀，其他可能包括頭痛、頭暈、嘔吐、意識不清、失語、四肢麻木、局部抽搐、聽力障礙、精神障礙、癡呆、偏癱和失明。最近，我國學者提出腦囊蟲病的臨床分類如下:①癲癇；②腦實質型；③蛛網膜下腔型；④心室型；⑤混合型；⑥亞臨床型，其中癲癇最常見。不同類型的患者臨床表現和嚴重程度不同，治療原則和預後也不同。
腦囊蟲病患者在腦炎發病中起誘發作用，並可加重腦炎的病理改變，導致死亡。
3.眼囊蟲病囊蟲病可寄生於眼部任何部位，但多寄生於眼球深部、玻璃體(51.6%)和視網膜下(37.1%)。通常涉及壹只眼睛。癥狀較輕的表現為視力障礙，常可見蠕蟲蠕動。嚴重的話可以失明。對452例眼囊蟲病患者進行了眼底檢查。其中39.16%的患者有不同程度的眼底異常，其中25%的患者有視神經水腫，5%的患者有視神經萎縮，41的患者有視神經水腫伴出血。眼部癥狀出現前，約11%的患者有發熱史，29%的患者有頭痛，眼內囊蟲病的壽命約為1 ~ 2年。眼內囊尾蚴存活時，壹般患者可以耐受。但豬囊尾蚴壹旦死亡，蟲體分解可產生強烈刺激，導致眼內組織改變、玻璃體混濁、視網膜脫離、視神經萎縮、白內障、繼發性青光眼等，最終導致眼球萎縮、失明。