根據上述職責，自治區質量技術監督局設13個內設機構：
（壹）辦公室（調研室）
處理日常政務；負責政策研究、地方誌編撰；起草和審核重要文件和報告；負責秘書、文電處理、值班、督查、檔案、信訪、保密、保衛、政務信息工作及全區性會議的組織制定並組織實施區局機關內部規章制度，指導機關辦公自動化建設；負責應急管理的組織協調工作；承擔區局新聞發布工作，管理和組織宣傳工作，負責機關財務、資產的行政管理工作；負責系統有關外事工作；負責質量技術監督綜合調研工作。
（二）計劃財務科技處
擬訂並組織實施自治區質監系統計劃、財務、科技和基本建設、裝備、信息化的管理制度；組織管理系統預決算、各類資金、專用基金、國有資產、基本建設、裝備及政府采購工作；承擔系統各項收費管理工作；負責監督檢查國家、自治區及系統與計劃財務科技工作有關法律法規規章的執行情況；負責編制和組織實施自治區質量技術監督系統發展規劃和科技發展規劃；組織開展科研和技術引進；負責自治區質量技術監督系統的信息化工作。
（三）政治部
組織落實幹部人事制度及系統幹部隊伍、人才隊伍建設規劃，擬定具體實施方案；負責本系統的幹部人事和機構編制管理工作；承擔區局機關處級以下幹部及下壹級領導班子和領導幹部及其後備幹部的管理、考核及監督等工作；負責監督檢查系統各項幹部人事規章制度落實執行情況；辦理出國政審事項；負責本系統幹部職工的教育培訓等管理工作。
（四）法規處（行政許可辦證處）
負責組織擬定質量技術監督地方性法規和規章草案；負責組織對有關法律、法規、規章草案提出修改意見；管理與質量技術監督有關的技術規範工作；負責行政執法人員資格管理；負責對質量技術監督法律、法規、規章的貫徹實施情況進行監督檢查；負責案件審理委員會辦公室工作；對系統內行政許可工作實施監督檢查，負責行政許可審議委員會辦公室工作；承辦行政復議、行政應訴有關工作；負責地理標誌產品保護工作。
（五）質量管理處
負責組織落實國家質量振興的政策、措施和質量獎勵制度；推進和實施名牌發展戰略；推行質量管理先進經驗和科學管理方法；組織開展自治區產品質量誠信體系建設；組織全區重大產品質量事故的調查並提出整改意見；協調建立全區重大工程設備質量監理制度；承擔產品防偽的管理工作；負責自治區質量技術監督系統綜合統計工作。
（六）標準化處
組織國家、自治區標準化法律、法規、規章的實施工作，組織地方標準（含標準樣品）的制定（修訂）工作；組織重要標準的宣傳貫徹；檢查重要標準的實施情況；推行采用國際標準和國外先進標準；管理企業產品標準備案，指導企業標準化工作；負責自治區農業標準化領導小組辦公室的日常工作；管理自治區組織機構代碼和商品條碼工作。
（七）計量處
組織實施計量法律、法規，擬定計量事業發展規劃、制度；推行國家法定計量單位；監督管理量值傳遞、計量檢定、校準、測試和比對工作；監督管理計量檢定機構、校準機構、授權機構、社會公正計量機構；監督管理計量檢定、校準人員的資質資格；監督管理計量器具的制造、修理和進口工作；監督管理商品量和市場計量行為；監督管理工業計量工作；監督管理能源計量及限制商品過度包裝計量工作，承擔能效標識的歸口管理工作；組織計量仲裁檢定。
（八）認證認可監督管理處
負責相關校準、檢測、檢驗實驗室和鑒定等機構的技術能力的評審和資質認定審批管理工作；組織實施國家強制性認證產品的監督檢查工作；依法負責認證咨詢機構的資質審批和監督管理；依法對向社會出具具有證明作用的數據和結果的實驗室和檢查機構進行監督管理；依法監督和規範認證市場。
（九）食品安全監督管理處
負責協調和組織實施全區食品、食品相關產品生產加工環節質量安全監管、風險監測及市場準入工作；擬定食品、食品相關產品生產加工環節質量安全監督管理制度；監督管理食品生產許可檢驗機構和人員資質資格；按權限組織調查處理食品質量安全事故。
（十）自治區特種設備安全監察局
負責鍋爐、壓力容器、壓力管道、電梯、起重機械、客運索道、大型遊樂設施、場（廠）內專用機動車輛等特種設備的安全監察、監督管理工作；對特種設備的設計、制造、安裝、改造、維修、使用、檢驗檢測及進出口實施行政許可和監督檢查；按規定權限組織調查處理特種設備事故並進行統計分析；監督管理特種設備檢驗檢測人員和作業人員的資質資格；對高耗能特種設備實施節能監管。
（十壹）產品質量監督處（自治區工業產品生產許可證辦公室）
貫徹落實國家、自治區有關產品質量監督法律法規，擬定自治區產品質量監督檢驗計劃，對監督檢驗計劃的實施情況進行監督；擬定自治區重點監督產品目錄並組織實施；組織實施自治區產品質量監督抽查工作；監督管理自治區法定、授權產品質量檢驗機構；指導和協調產品的行業和專業性監督；管理產品質量仲裁檢驗和質量鑒定工作；管理機動車安全技術檢驗機構資格；承擔工業產品生產許可證管理工作。
（十二）自治區質量技術監督執法稽查局（自治區質量技術監督12365舉報處置指揮中心）
貫徹落實國家、自治區有關質量技術監督行政執法法律法規；組織查處違反標準化、質量、計量、特種設備等法律法規的行為；組織系統開展從源頭打擊生產假冒偽劣產品的違法行為；承擔國家及自治區安排的有關專項打假和整治活動；承擔自治區跨區、跨省案件的查處工作及大案要案的督查督辦工作；管理自治區質量技術監督行政執法機構；對本系統行政執法工作開展監督檢查；承擔自治區質量技術監督12365舉報處置指揮中心的日常工作。
（十三）審計處
組織國家、自治區審計法律、法規、規章的實施工作，擬訂系統領導幹部任期經濟責任審計制度並組織實施；承擔系統內部審計工作。
機關黨委負責自治區質量技術監督局機關和直屬單位的黨群工作和精神文明建設工作。
監察室（與紀檢組合署辦公）為自治區紀委（監察廳）派駐機構，負責自治區質量技術監督系統黨的紀律檢查和行政監察工作。
離退休幹部工作處負責自治區質量技術監督局機關離退休幹部的管理及服務工作，指導自治區質量技術監督系統離退休幹部工作。