第1期（手足口出疹期）：
主要表現為發熱，手、足、口、臀等部位出疹（斑丘疹、丘疹、小皰疹），可伴有咳嗽、流涕、食欲不振等癥狀。部分病例僅表現為皮疹或皰疹性咽峽炎，個別病例可無皮疹。此期病例屬於手足口病普通病例，絕大多數病例在此期痊愈。
第2期（神經系統受累期）：
少數腸道病毒71型感染病例可出現中樞神經系統損害，多發生在病程1-5天內，表現為精神差、嗜睡、易驚、頭痛、嘔吐、煩躁、肢體抖動、急性肢體無力、頸項強直等腦膜炎、腦炎、脊髓灰質炎樣綜合征、腦脊髓炎癥狀體征。腦脊液檢查為無菌性腦膜炎改變。腦脊髓CT掃描可無陽性發現，MRI檢查可見異常。此期病例屬於手足口病重癥病例重型，大多數病例可痊愈。
第3期（心肺功能衰竭前期）：
多發生在病程5天內。本期病例表現為心率、呼吸增快，出冷汗、皮膚花紋、四肢發涼，血壓升高，血糖升高，外周血白細胞（WBC）升高，心臟射血分數可異常。此期病例屬於手足口病重癥病例危重型。及時發現上述表現並正確治療，是降低病死率的關鍵。
第4期（心肺功能衰竭期）：
病情繼續發展，會出現心肺功能衰竭，可能與腦幹腦炎所致神經源性肺水腫、循環功能衰竭有關。多發生在病程5天內，年齡以0-3歲為主。臨床表現為心動過速（個別患兒心動過緩），呼吸急促，口唇紫紺，咳粉紅色泡沫痰或血性液體，持續血壓降低或休克。此期病例屬於手足口病重癥病例危重型，病死率較高。
第5期（恢復期）：
體溫逐漸恢復正常，對血管活性藥物的依賴逐漸減少，神經系統受累癥狀和心肺功能逐漸恢復，少數可遺留神經系統後遺癥狀。
2、重癥病例早期識別
腸道病毒71型感染重癥病例診療關鍵在於及時準確地甄別確認第2期、第3期。
下列指標提示可能發展為重癥病例危重型：
（1）持續高熱：體溫（腋溫）大於39℃，常規退熱效果不佳。
（2）神經系統表現：出現精神萎靡、嘔吐、易驚、肢體抖動、無力、站立或坐立不穩等，極個別病例出現食欲亢進。
（3）呼吸異常：呼吸增快、減慢或節律不整。若安靜狀態下呼吸頻率超過30-40次/分（按年齡），需警惕神經源性肺水腫。
（4）循環功能障礙：出冷汗、四肢發涼、皮膚花紋，心率增快（>140-150次/分，按年齡）、血壓升高、毛細血管再充盈時間延長（>2秒）。
（5）外周血WBC計數升高：外周血WBC超過15×109/L，除外其他感染因素。
（6）血糖升高：出現應激性高血糖，血糖大於8.3mmol/L。可疑神經系統受累的病例應及早進行腦脊液檢查。腸道病毒71型感染重癥病例甄別的關鍵是密切觀測患兒的精神狀態、有無肢體抖動、易驚、皮膚溫度以及呼吸、心率、血壓等，並及時記錄。
3、治療要點
腸道病毒71型感染重癥病例從第2期發展到第3期多在1天以內，偶爾在2天或以上。從第3期發展到第4期有時僅為數小時。因此，應當根據臨床各期不同病理生理過程，采取相應救治措施。