公元1241年，窩闊臺去世，他的長子貴由繼承了可汗的位置。也正是從這裏，大蒙古國陷入了圍繞奪權的長期紛爭，這也為後來大蒙古國的分裂埋下了伏筆。
蒙古汗位之爭也是在拖雷和窩闊臺之間展開的。
窩闊臺生前就有想法，想立他的第三個兒子，也就是他的孫子獵德門為可汗。但窩闊臺死前留下遺詔，窩闊臺的皇後馬奈甄不想立獵德門，因為富貴生母史書沒有記載，所以有可能窩闊臺不是在馬奈甄之後出生的，所以他不想立馬奈甄之後的子女也可以理解。
在馬奈·侯震的運作下，貴由成功登上了可汗的寶座，但貴由和馬奈·侯震的治國能力都非常差。他們忽視了國家大事，沒有取得進展，這導致了內蒙古的恐慌。因此，在馬奈·侯震和貴由先死之後，內蒙古就分裂了。
分裂的原因在於貴由死後誰將繼承可汗的位置。其中，成吉思汗長子術赤的兒子巴鬥支持蒙哥登基，而窩闊臺和察合臺的後代則堅決反對。
按照當時的傳統，新可汗需要在胡力臺會議上得到所有人的推薦，才能順利繼承可汗職位。但由於窩闊臺和察合臺的拒絕，巴鬥等人領導的胡力臺會議無法召開，但當時還有壹個傳統，就是如果沒有選出新可汗，就由先可汗的妻子召集。因此，在胡力臺會議未召開前的壹段時間內，之妻海失魂落魄後被稱為蒙古，沒有留下任何遺詔，所以海。
所以，在繼承大汗的道路上，蒙哥遇到了他的第壹個敵人，也就是列門。
史書上雖然沒有列烈門的詳細記載，但從窩闊臺和海在失守後都想立列烈門為可汗來看，列烈門應該也是有幾個繼承人的，只可惜，他遇到了壹個很強的對手。
1251年，胡立泰代表大會終於在跌跌撞撞的過程中召開了。由於巴鬥的支持，國會很快通過了封孟為大汗的提案。就這樣，孟戈成功繼承了可汗的位置。但蒙古繼承可汗位，也預示著大蒙古國分裂的正式開始。
壹年後，蒙哥溺水而亡，葬身大海後，處決了烈門，蒙哥最直接的競爭對手被他解決了。
雖然失落之門和失落之海都被他解決了，但是窩闊臺和察合臺的後代依然不肯接受可汗的位置，陷入了拖雷的壹系列，所以壹直在暗中積蓄力量，想盡辦法奪回可汗的位置。其中窩闊臺的五個兒子和他失散的兒子海都逐漸成為這些人的首領。他壹直在尋找機會奪回可汗的位置，甚至在蒙哥死後介入了忽必烈和阿裏布格的紛爭。雖然公開支持阿裏布格，但實際上是支持他的。
然而，海都的計謀最終沒有得逞。雖然阿裏不哥和忽必烈之間有過爭執，但忽必烈在拖雷的地位越來越穩固。公元1301年，海都未能起兵，受重傷而死。從此以後，窩闊臺再也沒有力量與拖雷抗衡了。