在此期間，微生物分泌各種酶，促進豆腐中的蛋白質分解成營養價值高的氨基酸和壹些風味物質。有些氨基酸本身就有某種風味。在發酵過程中，豆腐中的澱粉也轉化為酒精和有機酸。同時，輔料中的酒和香料也參與其中，共同產生具有香味的酯類和其他風味成分，從而形成豆腐的獨特風味。腐乳在制作過程中發酵，蛋白酶和附著在皮上的細菌慢慢滲透到豆腐坯內部，蛋白質逐漸分解。大約三個月到半年後，酥脆細膩的豆腐腦就做好了，口感變得細膩、鮮美、適口。豆腐幹:厚度2cm，含水量控制在68% ~ 70%，要求厚薄均勻，無蜂窩，無水泡，摸起來有彈性，有光澤。鹽:選擇氯化鈉含量高、顏色白、雜質少的加碘精鹽。
料酒:選擇優質黃酒和50%白酒。
香料:用的都是壹等品。方清腐乳是腐乳的壹種，具有獨特的風味，與眾不同。釀造的青腐乳氣味刺鼻，顏色為青色或豆藍色，故名。
方清腐乳選用優質大豆，經毛黴發酵，輔以優質鹵湯。產品經過制漿、坯體成型、培養、前發酵、腌制、裝罐、後發酵等主要工序。在160d的發酵過程中，腐乳中的蛋白質可以被粘菌Riao分解，生成氨基酸、醇類、有機酸等多種化合物。在毛黴的作用下，豆腐蛋白中的胱氨酸、蛋氨酸、半胱氨酸等有機物被分解成屍胺、硫化氫等易汽化的分子。樹脂胺有刺鼻的糞便味，硫化氫有臭雞蛋味，產生硫臭味和氨臭味，臭味以硫化物臭味為主，容易感覺到臭味。同時在制作過程中不斷加入黃漿水和硝鹽，使白豆腐呈現豆綠色。由於分解較其他品種徹底，方清腐乳含有豐富的氨基酸，尤其是方清腐乳，含有較多的丙氨酸、谷氨酸、天冬氨酸、尿苷酸、肌苷酸和醇類形成芳香酯。這些物質具有清爽的香味和美味的味道。
讓毛黴長在豆腐上→加鹽腌制→加鹵湯裝瓶→封口腌制。
第壹步:毛黴的生長:將豆腐塊放入籠中，控制籠內溫度在15~18℃並保持壹定的濕度。大約48小時後毛黴開始生長，3天後菌絲生長旺盛，5天後豆腐塊表面布滿菌絲。豆腐塊上生長的毛黴來源於空氣中的毛黴孢子，現代腐乳生產是在嚴格的無菌條件下，將優良的毛黴菌種直接接種在豆腐上，可以避免其他菌種的汙染，保證產品質量。
第二步:腌制。將覆有毛黴的豆腐塊分層有序地放入瓶中，同時逐層加鹽。隨著層數的增加，含鹽量會增加，靠近瓶口表面的鹽會更厚。加鹽的發育時間是8天左右。加鹽可以析出豆腐中的水分，使豆腐塊變硬，在後期制作過程中不會過早酥脆腐爛。同時，鹽可以抑制微生物的生長，避免豆腐塊變質。
第三步準備鹵湯，直接關系到腐乳的色、香、味。罐頭湯是由酒和各種香料制成的。料酒、黃酒、米酒、高粱酒等都可以作為鹵湯裏的酒，含量壹般控制在12%左右。加酒可以抑制微生物的生長，使腐乳具有獨特的風味。香料有很多種，如花椒、胡椒、八角、桂皮、生姜、胡椒等。香辛料可以調制腐乳的風味，也有防腐殺菌的作用。鍋湯可以根據個人口味來準備。