①食用種:栽培種多直接食用，采集的野生菌也是，占食用菌的大多數。如栽培蘑菇、雙孢菇、黑木耳等。野生牛肝菌、雞油菌等。
(2)藥用種，是指直接從子實體或菌絲體中提取的產品可以入藥。靈芝、天麻等子實體可以切片，作為飲片服用。雲芝和茯苓的子實體和菌絲體可提取加工成中成藥；槐花、冬蟲夏草、蛹蟲草工業發酵的菌絲體還可以加工成各種藥物。
(3)藥食兩用，大多數食用菌都有壹定的食療作用。比如猴頭菇對消化系統疾病有很好的療效，蜜環菌對肝炎有很好的輔助療效，黑木耳對痢疾有特效。
(2)營養方法的分類
①木腐菌，如香菇、平菇、木耳等。，多以闊葉木本植物的木屑(木材)為栽培基質。在野外條件下，它通常生長在幹燥的木頭上。
②草菇、姬松茸等稭稈腐真菌不能利用木質材料，主要利用草本植物尤其是禾本科植物的稭稈(如麥稈、稻草、玉米芯等。)為主要碳源。在野外，常見於腐爛的糞便和腐爛的幹草堆。
(3)糞便細菌，如雙孢蘑菇、杏鮑菇等。，常見於野外條件下發酵的牛糞和馬糞堆上；栽培只能使用草本稭稈，需要添加大量的馬糞、牛糞、雞糞、糞肥、化肥等富氮原料。
④在野外條件下，土著細菌主要分布在林地、山坡和溝渠旁的地面。其中壹些有它們的活基質(枯枝、爛根等)。)土層下，如雞腿菇、竹蓀等易於人工栽培的；還有的遠離其生長基質，如羊肚菌，大部分難以人工培養。
(3)子實體形成和發育所需的溫度。
①嗜熱真菌子實體的形成和發育需要較高的溫度(壹般在25℃以上)，菌絲體的生長溫度也高於其他真菌。如草菇子實體形成和發育的適宜溫度為30 ~ 32℃，其菌絲體生長的適宜溫度為32 ~ 35℃。
②嗜溫真菌子實體形成和發育的適宜溫度為15 ~ 25℃，嗜溫真菌菌絲生長的適宜溫度壹般為20 ~ 25℃。嗜溫真菌種類很多，如香菇、銀耳、雞腿菇、猴頭菇等。
③低溫真菌的形成和發育需要壹個低溫，壹般低於65438±05℃。高於這個溫度，就很難形成子實體或者不能正常發育。如金針菇、金針菇。
(4)子實體形態和結構的分類
(1)傘菌，顧名思義，就是那些有傘狀子實體的種類。這些傘狀的子實體明顯分化出兩種形態結構，即壹個菇蓋和壹個菇柄，在菇蓋下誕生壹個葉片狀的菇褶，它們的“種子”——擔孢子在菇褶兩側誕生。最常見的食用菌是蘑菇，如雙孢蘑菇、香菇、金針菇、金針菇等。蘑菇大多是肉質的。
(2)多孔菌多孔菌的子實體形態多樣，有傘狀、扇形、塊狀等，質地有肉質、半纖維狀、木柱狀等，但其形態特征是:在菌蓋下均有管狀生殖結構。如肉質傘形牛肝菌、雞油菌、木質扇形靈芝、肉質塊狀猴頭菌、齒球菌等。
(3)粘質真菌的子實體多為耳狀或葉狀，有的為腦狀，多數為膠狀質地，如黑木耳、毛木耳、銀耳、黑木耳、黑木耳、血木耳等。它們的繁殖體擔孢子都嵌在子實體的表層，有的在耳廓的壹側，有的在兩側。
④除上述形態群外，還有壹些種類的子囊菌，很難歸為形態群。這些物種大多沒有經過人工培育，比如羊肚菌有壹個看起來像羊肚子的鐘形帽，馬鞍菌有壹個鞍形帽，還有不規則的塊菌。這些細菌在分類地位上與上述三個類群相差甚遠，屬於子囊菌亞科。
(5)原基形成和發展對光的需求
①喜光型在散射光的刺激下促進子實體的分化發育，如蘑菇、草菇、蘑菇、猴頭菇、平菇、木耳等。
②中間型對光不敏感，有或無散射光都能發育，如雙孢蘑菇、杏鮑菇等。
(3)避光型無需散射光刺激即可形成子實體，如茯苓、塊菌等地下真菌。
食用菌從不同角度分類的方法很多，這裏就不多說了。