[編輯本段]建武新政
鐮倉幕府滅亡的次月，後醍醐天皇返回京都，重掌朝政，改元“建武”，並開始壹系列新政，史稱“建武中興”。後醍醐天皇對宋學有研究，他贊成宋學“正君臣父子”的名分思想，同時對平安時代的延喜(901-922)、天歷(947-956)年間的天下壹統的政治頗為向往。為重現天皇壹統天下的政局，他在重新執政後短短的兩年時間裏，曾宣布過以下“新政”:
1、制訂了《所領個別安堵法》，以挽救“士卒民庶”的貧困，安定社會人心。宣布新“德政令”，以圖恢復原土地所有者的權利。
2、任命了新國司和新守護，企圖恢復平安時期的知行國制，給權門世家以支配知行國的特權。
3、 對幕府的有功之士進行獎賞。
4、 整治國家機構，天皇實行親政。中央只設置直屬於天皇的記錄所(負責行政)、 雜訴決斷所(負責訴訟)、武者所(負責京都 治安)、窪所(伺所)。
“建武新政”只不過是後醍醐天皇的理想，由於他忽略了壹個客觀事實，即時代已與延喜、天歷時期不同了，而其主要的不同點在於獨立且實力頗強的武力的存在。所以最終導致失敗是必然的。在具體執政過程中，朝廷重公卿輕武士以及政令多變、決策錯誤百出等等，導致了社會的混亂、公卿與武士之間矛盾的激化。
[編輯本段]南北朝與足利幕府
隨著公卿與武士之間矛盾的加深，從鐮倉幕府倒戈的足利尊氏利用社會混亂和矛盾，決意重建武士政治體制。足利氏原是上野國豪族，而且更是鐮倉幕府將軍源賴朝同族。對此，後醍醐天皇命尊良親王、新田義貞以及陸奧地區的北畠顯家圍殲足利尊氏，最後尊氏軍擊敗朝廷軍。1335年，尊氏利用前往東國平定兵亂的機會，在鐮倉豎起叛旗。1336年1月攻入京都，3月，退出京都進軍九州。
在九州恢復元氣的足利尊氏、足利直義兄弟率軍從海陸兩路東上。朝廷乃命新田義貞和楠木正成迎戰於兵庫。1336年5月26日，尊氏、直義軍與新田、楠木軍在兵庫湊川決戰，新田、楠木軍大敗。足利尊氏再次攻入京都，後醍醐天皇逃入比睿山，尊氏擁立光嚴之弟豐仁親王為光明天皇，並派直義圍攻比睿山，後醍醐天皇遂為尊氏所幽禁。尊氏控制京都以後，自任征夷大將軍，開幕府於室町，並公布《建武式目》十七條作為施政綱領。同年12月，後醍醐天皇逃至吉野山，並宣布重開朝政。自此京都光明天皇的朝廷稱“北朝”，吉野山後醍醐天皇的朝廷稱“南朝”。五十七年間，日本南北兩朝對峙，進入內亂時期。
[編輯本段]室町幕府的統治
以1336年11月7日公布的《建武式目》為標誌，拉開了足利幕府的統治序幕。
《建武式目》是當時調整道德行為的壹種規範，它的很多條款在壹定程度上反映了當時各階層人民的要求，為足利氏能夠最終擊敗南朝奠定了基礎。
幕府成立後，曾先後控制南朝勢力，平定接踵而來的“土岐氏之亂”(1391年)與“明德之亂”(1391年12月)。但幕府內部就如何對待皇室、貴族等政策方面發生分歧。足利直義與幕府執事高師直之間的矛盾與鬥爭越演越烈，以至1350年2月足利直義背叛北朝，投奔南朝。1351年1月，直義率南朝軍大敗北朝軍。2月足利尊氏與直義兄弟和好。不久又因關於南北統壹的主張不同，兄弟再次反目。1353年2月，尊氏在鐮倉殺死了直義。1358年4月，足利尊氏病故，同年12月，足利義詮任幕府第二代將軍。1367年11月，足利義滿就任第三代將軍。而日本真正得以樹立稍微安定的政權，是在1392年足利義滿統壹南北朝之後。
義滿執政後，對社寺勢力進行抑制，尤其是對實力較強的守護，不失時機地給予打擊。1390年削弱大守護土岐氏勢力,1391年鎮壓了山名氏勢力,1399年平定了擁六國守護之職的大內氏勢力等。在此期間，義滿促進了南北的統壹。
室町幕府在行政方面由將軍綜理壹切政務。其下設“管領”，以輔佐將軍，壹般由足利氏壹族的斯波、細川、畠山三氏輪流擔任，謂之“三管領”。管領之下有侍所、問註所，政所等機構，而以侍所最為重要。侍所的首長稱“所司”，由山名、壹色、京極、赤松四氏擔任，謂之“四職”，負責禦家人的統治與行政訴訟。“問註所”的首長稱“執事”，此機構除保管幕府的記錄、文件外，也負責文書的誤謬、偽證以及證件遺失等訴訟的審理工作，執事由三善氏子孫世襲。政所首長也稱“ 執事”，此機構與鐮倉幕府的政所有所區別，它只主持幕府財政，審理有關買賣、借貸、質押等方面問題。最初執事壹職由二階堂氏擔任，後來則由伊勢氏世襲。雖有“執事代”輔佐，但伊勢氏卻又別置“政所代”，使之負責實務，由蜷川氏世襲這壹職位。此外又與前代壹樣設有“平定眾”、“引付眾”。
地方上，在鐮倉方面設有“關東禦所”，其下有“關東管領”。關東禦所原由尊氏長子義詮負責，後來改有次子基氏及其子孫世襲。除守護由將軍任免外，其它關東方面的事物均委諸“關東管領”。關東禦所下設有“關東管領”、“平定眾”、“引付方”、“政所”、“問註所”、“侍所”等，幾乎與幕府相同。在九州設有“ 九州探題”，東北地方設有“奧州探題”和“羽州探題”。
與鐮倉幕府壹樣，在諸國置“守護”和“地頭”，惟其性質兩者有異。鐮倉幕府的守護與地頭都是幕府將軍的禦家人，兩者之間形成主從關系。室町時代守護大多由足利氏同族和有力家臣擔任。他們壹方面擁有裁判訴訟、處理無主田地、征收稅款、催促兵役的權利，同時不斷侵吞莊園，將領國的國人變成自己的家臣團，逐漸發展為守護領國的守護大名。
在財政方面，由於室町幕府對守護、地頭的統治並不徹底，所以其經濟主要來源於分散各地的約二百余處的直轄地“禦料所”，由將軍近臣“近習”、“奉公眾”以 “代官”身份負責管理，並代征“年貢米”、“年貢錢”，作為將軍家的生活費用與“代官”的俸祿。必要時，雖也向諸國守護、地頭課稅，但他們未必從命。因此不得不在畿內的交通要道設“關所”,征收“關錢”，或在渡口收取“津料”。並且對京都內外的“土倉”(當鋪)與“酒屋”(酒坊)課征“倉役”、“酒屋役 ”。還經各地守護、地頭向“公田”征收“段錢”，向“在家”之民征收“棟別錢”。如臨時有事而經費不足時，也向“有德人”（富豪）告貸。所以室町幕府的財政自始至終很不穩定。為了解決經濟拮據問題，與明朝進行“勘合貿易”，也逐漸成為幕府的重要財源。
此起彼伏的“壹揆”
在長期的動亂中，廣大的下層農民受害最深，因此在室町時代，農民反抗官府和統治者的鬥爭從來就沒有停止過。這種鬥爭稱為“壹揆”。它又可分為土壹揆和國壹揆。最重要的壹揆是自1428年開始的“德政壹揆”。這壹年的9月18日，近江國醍醐鄉的農民起義，以德政為口號，得到了廣泛響應。當時“天下土民蜂起，號德政令，破卻酒屋土倉。寺院等、雜物等（恣）盜取之。借錢等悉破之。管領成敗之。凡亡國之基不可過之。日本開（白）國以來土民蜂起是初也。”
1441年8月，德政壹揆規模更趨擴大，郊外數萬農民包圍京都，城內到處是“不交出債務，可放火焚燒”的布告，幕府不得不頒布“德政令”，宣布取消農民壹切債務。九月十四日，幕府進壹步發布“壹國平均德政令”，不論身份貴賤、地位高低，壹切債務全部廢除。
1485年12月，山城國發生壹揆，主要是因為“應仁之亂”後，東軍的畠山政長同西軍的畠山義就以山城為中心展開了戰鬥，戰場所在地的國人和農民舉行聲勢浩大的集會，強烈要求兩軍撤出。在這次大規模的反抗鬥爭中，國人在農民的支持下，實現了自治，維持了八年的統治。
1488年6月，加賀(石川縣)的國人、農民以宗教壹向宗的教義為組織基礎，發生了“壹向壹揆”，打跨了守護大名，控制該國，實行了將近百年的自治。
以上這種國人和農民團結壹致反抗官府的壹揆活動，與自治地緣組織的興起有關，但是，民眾政治上的覺醒是壹揆不斷產生的根本原因。
[編輯本段]戰國時代
1467年，圍繞將軍繼承問題，幕府內部形成分裂，細川氏與山名氏兩大名的傾軋白熱化。以細川勝元為統率的16萬東軍挾天皇、將軍與以山名持豐、大內政弘為首的11萬西軍在京都展開大戰。勢均力敵的兩支大軍經過十壹年的持久戰，難決雌雄。及至勝元、持豐兩氏相繼病死，政弘返回周防，雙方部隊才開始撤去。長期的戰爭使得當時的京都百瘡千孔，荒蕪人煙，壹些巨剎、邸宅多數為戰火所毀。公卿們因為不堪生命之危險與經濟之困窘，大多逃離京都，避難於地方。至此幕府權威完全掃地。當時的將軍義政無意於政治，不僅在戰亂中大興土木，營造別墅銀閣寺，還在戈矛聲中飲酒作樂，過著風雅生活。其子義尚繼位後，曾想重整幕府威勢，卻於親征近江的六角高賴時陣亡。於是幕府之勢已是風前之燭，岌岌可危名存實亡了。
在戰國時代這個特殊的年代裏，守護代、國人以及與之相關的人們皆以實力而成了大名，並且競相把分國領地紛紛擴大，相繼各霸壹方，成了戰國大名，從而形成了群雄割據的分裂局面，此後的日本更是戰火不停。