研究表明，納豆的保健功能主要與納豆激酶、納豆異黃酮、皂甙、維生素K2等多種功能因子有關。具有改善便秘、降低血脂、預防大腸癌、降低膽固醇、軟化血管、預防高血壓和動脈硬化的作用；消除體內致癌物質，提高記憶力，護肝美容，延緩衰老；調節腸道菌群平衡，預防痢疾、腸炎、便秘，解酒。
調節腸胃:大豆的蛋白質不溶。制成納豆後，變得可溶，產生氨基酸。原料中沒有的各種酶，由於納豆菌和伴生益生菌的產生，可以幫助腸胃消化吸收。發酵後，豆制品的蛋白質利用率會提高，阻礙消化吸收的比例會降低。
排毒養顏:納豆不受胃液強酸的影響。能迅速在腸道定殖，產生吡啶二羧酸，有助於殺滅和抑制腸道內的有害細菌和病毒。納豆的粗提物富含卵磷脂、不飽和脂肪酸、維生素E等抗氧化成分，能有效降低血脂和膽固醇，清除腦組織細胞中的過氧化色素，調節皮膚細胞和皮膚表面的水脂平衡，促進血液循環，改善皮膚彈性，使皮膚光滑柔軟，達到延緩衰老的效果。
調節血糖:飯後血糖值呈明顯下降趨勢是很直觀的。壹種是納豆菌吞噬葡萄糖和粘液，另壹種是納豆中的彈性蛋白酶(或胰蛋白酶E)抑制血糖升高。它與豬胰腺中所含的這種酶具有作用，並且來自豬胰腺的彈性蛋白酶已被用作高血糖癥的治療藥物。
瘦身:納豆中的黏蛋白有類似膳食纖維的作用，可以減少身體對脂肪的吸收。此外，納豆中的維生素K2支持體內脂肪燃燒，防止脂肪在體內堆積，從而起到瘦身的作用。納豆芽孢桿菌可在腸道內持續存在約1周，可促進其他有益菌的增殖。人體吸收的營養成為腸道細菌的誘餌，被吞噬。另外，納豆激酶可以燃燒脂肪，所以可以減肥。還有納豆粘稠物質，起到浸出和包裹的作用。所以納豆減肥緩慢有效，不會反彈。
骨質疏松癥的防治:骨骼由維生素K2和優質蛋白質組成，先形成骨保護素，再與鈣形成骨骼，積聚骨骼，增加骨密度。納豆含有大豆異黃酮和維生素K2。大豆異黃酮可以阻止骨骼中鈣的溶解，而維生素K2可以固定骨骼中的鈣。換句話說，大豆異黃酮和維生素K2的組合可以共同增強骨骼。
調節血脂:納豆可抑制血液中LDL氧化，有效降低總膽固醇和甘油三酯的濃度，進而減少動脈粥樣硬化的發生。同時抑制和減少血管緊張素ⅱ的合成，降低血管外周阻力，進而達到降血脂、降血壓的目的。
改善更年期綜合征:納豆中的大豆黃酮可以補充體內雌激素的不足，調節內分泌，改善更年期癥狀，防治女性骨質疏松。
抗癌:納豆中含有木質素和胰蛋白酶抑制劑，可抑制致病性大腸桿菌和其他致病菌，如金黃色葡萄球菌、沙門氏菌和李斯特菌。此外，納豆中的異黃酮是防止細胞氧化的抗氧化物質，可以進壹步起到抗癌作用。
血栓性疾病的防治:納豆中含有大量能溶解血栓的納豆激酶。它是壹種能直接分解血栓的纖溶蛋白酶。每克濕納豆的溶栓作用相當於尿激酶1600IU。納豆激酶對血栓的作用時間長達8-12小時，而尿激酶只有30分鐘。日常生活中可以口服納豆，可以有效吸收足夠的納豆激酶，它可以對毛細血管起到重要的調節作用。