蛋白質是壹種大分子物質，不同蛋白質的分子大小不同，所以可以用壹些簡單的方法將蛋白質從小分子物質中分離出來，蛋白質的混合物也可以分離出來。根據蛋白質分子大小的分離方法主要有透析、超濾、離心和凝膠過濾等。透析和超濾是分離蛋白質的常用方法。透析是將待分離的混合物放入半透膜制成的透析袋中。浸入透析液中進行分離。超濾是壹種過程，其中水和其他小分子通過離心力或壓力被迫穿過半透膜，而蛋白質被截留在半透膜上。這兩種方法都可以將蛋白質大分子與主要由無機鹽組成的小分子分離開來。常與鹽析、鹽析結合使用，鹽析後可用於去除引入的無機鹽。濾膜表面容易被吸附的蛋白質堵塞，使超濾速度變慢，截留物的分子量越來越小。因此，在使用超濾法時，應選擇合適的濾膜或選擇切向流過濾，以獲得更好的效果。
離心法通常與其他方法結合使用來分離蛋白質。當蛋白質和雜質的溶解度不同時，可以通過離心分離。比如在米渣提取蛋白質的實驗中，加入纖維素酶和α-澱粉酶進行預處理後，通過離心初步分離有用物質和分解的雜質[3]。在具有密度梯度的介質中離心蛋白質的方法稱為密度梯度(區帶離心)。常用的密度梯度包括蔗糖梯度、多糖梯度和其他合成材料的密度梯度。可以根據所需的密度和滲透壓範圍選擇合適的密度梯度。密度梯度離心已被用於純化蘇雲金芽孢桿菌伴胞晶體蛋白。所得產品純度高，但收率低。姜晨等[6]通過比較不同密度梯度介質的分離效果，利用溴化鈉密度梯度，獲得了高純度的蘇雲金芽孢桿菌伴孢晶體蛋白。凝膠過濾，也稱為凝膠滲透色譜，是根據蛋白質分子大小的不同來分離蛋白質的最有效的方法之壹。凝膠過濾的原理是，當不同的蛋白質流過凝膠層析柱時，大於凝膠珠孔徑的分子無法進入凝膠珠內部的網狀結構，而是被排除在凝膠珠之外。相反，使用溶劑時，孔徑小於凝膠珠的分子會流出色譜柱。目前常用的凝膠有交聯葡聚糖凝膠、聚丙烯酰胺凝膠和瓊脂糖凝膠。在甘露糖蛋白的純化過程中，通過凝膠過濾可以獲得良好的結果。純度鑒定證明該產品為單壹均勻的糖蛋白，分子量約為32 kDa，多糖∶蛋白質(88∶12)，甘露糖為多糖[1]。
2.根據溶解度不同進行分離純化。
影響蛋白質溶解性的外界條件有很多，如pH值、離子強度、介電常數、溫度等。然而，在相同的條件下，不同的蛋白質由於分子結構不同而具有不同的溶解性。根據蛋白質分子結構的特點，可以選擇性地控制蛋白質混合物中某壹組分的溶解度，達到分離純化蛋白質的目的。常用的方法有等電點沈澱和調節pH值、蛋白質的鹽溶解和鹽析、有機物。
等電點沈澱和pH調節是最常用的方法。每種蛋白質都有自己的等電點，在等電點處溶解度最低。相反，有些蛋白質在壹定的pH值下很容易溶解，所以可以通過調節溶液的pH值來分離純化。蛋白質王紅新等人[8]研究了茶蛋白的提取工藝，發現在pH值時，茶蛋白的提取效果最好，提取率達到36.8%，初始純化率為91.0%。李殿寶[9]從葵花脫脂粕中提取蛋白時，調節蛋白溶液的pH值。目標蛋白質在等電點沈澱。等電點沈澱法也適用於葡萄籽中蛋白質的提取。李等[10]測得葡萄籽蛋白質的等電點為3.8。他們采用堿溶法提取葡萄籽蛋白，得到了最佳提取工藝:1×10-5mol·L-65438。在40℃攪拌40 min後，葡萄籽中蛋白質的提取率達到73.78%。此外，堿法提取大米蛋白，其持水性、吸油性和起泡性均優於酶法[11]。酸法提取的鰱魚蛋白無腥味，色澤潔白，蛋白得率高達90% [65438]。
蛋白質中的鹽溶解和鹽析是中性鹽顯著影響球狀蛋白溶解度的現象，其中增加蛋白質溶解度的現象稱為鹽溶解，反之為鹽析。需要指出的是，相同濃度的中性二價離子，如MgCl2和(NH4)2SO4對蛋白質溶解度的影響，要遠大於壹價離子中性鹽，如NaCl和NH4Cl。在葡萄籽蛋白的提取過程中，不僅可以用堿溶法提取蛋白，還可以用鹽溶法提取蛋白。最佳提取工藝為:10%NaCl溶液，按料液比1∶25，30℃攪拌30min，蛋白質提取率為57.25% [10]。鹽析法是從血液中提取免疫球蛋白的常用方法，如多聚磷酸鈉絮凝法和硫酸銨鹽析法，其中硫酸銨鹽析法在生產中應用廣泛。因為硫酸銨在水中呈酸性，所以用氨水調節pH值至中性。為了防止不同分子之間的沈澱，通常控制蛋白質樣品的含量。