發展改革、公安、邊防、財政、水利、交通、海事、旅遊、市場監督管理、環境保護、國土資源等部門應當按照各自職責做好漁業管理工作。
鄉(鎮)人民政府、村民委員會應當協助和配合有關部門做好本轄區內的漁業管理工作。第四條自治縣人民政府組織漁業、發展改革、水利、交通、旅遊、國土資源等部門。根據水域功能區劃和土地利用總體規劃，編制水域和灘塗養殖規劃。水域、灘塗養殖規劃應當向社會公布。
自治縣人民政府漁業行政主管部門應當根據水域、灘塗的養殖規劃，科學合理地確定養殖方式、養殖品種和養殖容量。第五條自治縣實行國有水域、灘塗有償使用制度，具體辦法由自治縣人民政府另行制定。
依法取得漁業使用權的水域、灘塗受法律保護，其他任何單位和個人不得侵犯。第六條自治縣應當定期組織有資質的相關科研機構對水域生態承載力進行評估，根據水域生態承載力確定網箱養殖規模。
網箱養殖區禁止捕撈天然水生動植物。第七條自治縣應當保護公共漁業水域和灘塗中魚、蝦、蟹、貝類的產卵場、索餌場、越冬場和洄遊通道，不得指定為網箱養殖以外的其他養殖場所。第八條從事水產養殖生產應當保護水域生態環境和實施節能減排，鼓勵推廣和使用符合水產飼料行業標準的人工配合飼料。第九條養殖用水和養殖用水的水質應當符合漁業水質標準。
應當在符合漁業水質標準的水域進行捕撈。第十條自治縣人民政府漁業行政主管部門應當對本行政區域內大型水庫的漁業資源進行調查和評估，按照捕撈量低於漁業資源增長的原則確定允許捕撈量，並通過限制漁船數量和功率等方式調整捕撈能力，控制捕撈強度。
太平灣水庫漁船不超過400艘，總功率不超過600千瓦；太平哨水庫漁船不超過200艘，總功率不超過300千瓦；蒲石河抽水蓄能電站下水庫漁船數量不超過100艘，總功率不超過150千瓦。
拖網漁船單臺功率不得超過111千瓦(150馬力)；刺網漁船單臺功率不得超過22千瓦(30馬力)；池塘公魚、大銀魚作業船單只功率不超過19 kW (25馬力)；其他輔助漁船單臺功率不得超過111千瓦(150馬力)。第十壹條自治縣對捕撈業實行捕撈許可證制度。使用漁船在自治縣公共漁業水域從事魚、蝦、蟹、貝捕撈作業的，應當依法申請內河漁業船舶證書；捕撈魚、蝦、蟹、貝類以外的水生動植物或者不使用漁船從事捕撈作業以及捕撈的，應當依法申請臨時捕撈許可證。未取得捕撈許可證不得進行捕撈。
從事捕撈作業的單位和個人應當按照捕撈許可證規定的漁具種類、場所、時限和數量進行捕撈。
捕撈許可證應當隨船攜帶。第十二條取得捕撈許可證的單位和個人，應當依法繳納漁業資源增殖保護費。
自治縣漁業資源增殖保護費的征收標準:
(1)捕撈特種:香魚每年征收400元；塘沼公魚漁網每年收取1，000元，燈光網每年收取500元。大銀魚每年每船收800元；蝦、蟹、水蛭每年征收400元。
(二)特種以外的捕撈:非機動漁船每艘150元，機動漁船12馬力以下每艘200元，12馬力以上(含12馬力)每艘每年24元。
(三)臨時捕撈許可證每證每年100元。第十三條。捕撈、采集和移植香魚、塘魚、銀魚、青蝦、河蟹等具有重要經濟價值的水生動物的苗種、育雛親體和受精卵，應當向省漁業行政主管部門申請批準。第十四條禁止使用炸魚、毒魚、電魚、截斷河道捕魚、幹鍋捕魚、魚鷹捕魚等破壞漁業資源的方法進行捕撈。
確需在特定水域使用魚鷹捕魚時，必須經自治縣人民政府漁業行政主管部門批準。