瓊脂糖凝膠電泳
這是實驗室最常用的方法，簡單易行，實驗只需要少量的DNA。其原理是不同大小的DNA分子通過瓊脂糖凝膠時，由於遊動速度不同而分離，用溴化乙錠(EB)染色，DNA分子在紫外光下發出熒光，從而確定其分子大小。？
PCR產物電泳檢測用的瓊脂糖濃度往往是1%-2%，要用高純度的電泳級瓊脂糖，已經去除了熒光抑制劑、核酸酶等雜質。
(1)制膠
瓊脂糖凝膠的厚度約為3 ~ 5 mm，太薄樣品會溢出，太厚熒光穿透力不強，以至於壹些細小的DNA條帶難以分辨。如果制備了100ml的2%凝膠，稱取2g瓊脂糖於三角瓶中，加入100ml？0.5×TBE溶液，微波2-5min使瓊脂糖完全溶解(註意不要煮沸)。當室溫降至60℃時，加入終濃度為0.5μg/ml的EB溶液，混勻後倒板(註意不要除氣)。
(2)樣品添加和電泳
上樣時，壹般取5 ~ 10μl PCR反應液，加入3μl溴酚藍溶液，混勻後加入凝膠上樣孔。電泳儀可以是通用的穩壓可調中壓電泳儀，電泳工作液為0.5×TBE溶液。當連接電源時，樣品從負電極移動到正電極。60-100V恒壓電泳約30-60分鐘。
(3)檢測
將凝膠板置於紫外透射儀的應時玻璃臺上進行檢測，DNA產物與熒光染料EB形成橙黃色熒光復合物。觀察每個泳道中是否有橙色熒光帶，擴增時與陽性對照集比較，判斷陽性或陰性結果。電泳時以標準分子量為對照，也可以判斷擴增片段是否與設計大小壹致。
聚丙烯酰胺凝膠電泳
聚丙烯酰胺凝膠電泳比瓊脂糖凝膠電泳復雜，但常用於引物純化、PCR擴增指紋圖譜、多重PCR擴增和PCR擴增產物的限制性長度多態性分析。
聚丙烯酰胺凝膠電泳分離DNA片段的有效範圍:
(1)制膠
在兩塊制膠玻璃板之間墊上墊片，放上制膠框，擰緊制膠螺絲，將玻璃板夾緊。
準備適量濃度合適的凝膠，比膠板略多。100μl體積凝膠的制備方法見下表。？
不同濃度(%)聚丙烯酰胺凝膠的制備:
加入TEMED和10%過硫酸銨後，立即混合均勻，倒入45℃角放置的玻璃盤中，填滿(註意不要有氣泡)，迅速將玻璃盤水平放置。立即將塑形梳放在腔體頂部並夾緊。膠聚合30-60分鐘後，取下膠板，放入電泳槽中固定。
(2)樣品添加和電泳
在上下槽中加入1×TBE電泳緩沖液，溢出加樣孔，拔出梳子，排出加樣孔中的氣泡。將PCR產物或限制性內切酶消化產物2與1加樣緩沖液混合，用微量註射器加到加樣孔底部，使樣品在孔底形成壹層。在兩邊的孔中加入標準分子量的DNA。馬克筆.
在2-10V/cm的電壓下進行電泳，電泳時間足夠長，使片段分離。當指示器到達合適的位置時，關閉電源，取出膠片。
(3)銀染
將兩塊玻璃板分開，將凝膠片放入100ml銀染固定液中，搖勻15min，雙蒸洗3次，每次2min，然後將凝膠片轉移至100ml？在搖床上用0.2% AgNO3染色約65438±00分鐘，吸取AgNO3溶液，用雙蒸水洗滌3次，每次30s，加入65438±000ml顯色液約7-65438±00分鐘，待DNA條帶清晰後，吸取顯色液，加入固定液Na2CO3，靜置2-3min，取出。