無性繁殖是高等植物中主要的繁殖方法。它利用水草的根、莖、葉等營養器官的再生能力，發芽產生不定根，形成新的水草個體，例如浮萍科的裂片繁殖、莕菜無性的殖芽繁殖、水生蕨類的孢子生殖和不定芽生殖、蓮的地下莖、石蒜科水生植物的球莖、澤瀉科的花軸不定芽繁殖、眼子菜科的越冬芽以及幾乎所有水生植物所***同具有的匍匐莖和走莖繁殖。因此，只要環境適宜，水生植物只要有壹段莖或壹片葉子就可以繁殖成片的同種水草群體。尤其是它們的營養繁殖非常發達。如牛舌草、苦草、椒草類等水草的根部不斷地萌發出新的嫩芽，而這些新芽離開母親體後又能長出新的植株。再如，金魚藻、莫絲等水草，當它們的分枝折斷之後，每個分枝又可成為新的個體。此外，還有瓜子草，將它的葉子撕下來之後，葉片基部又長出新根，新根就可以長出新的植株。
●根芽法 從母株的根部長出不定芽，在母株的邊上長出新枝。
●走莖法 走莖細而圓，匍匐與沙面或橫走在沙中，形成側枝，節上生有鱗片，每隔壹節就在節上另外長出不定根及新的個體，如小水蘭、水芙蓉。
●莖芽法 自母株底下的根莖、球莖、塊莖、鱗莖長出不定芽，由該芽長出新的個體，如青荷根、皇冠草。
●器官法 靠外力將跟、葉、莖、枝條等從莖稈上分離，由這些器官長出新的a 個體，如大葉菊、水芹。
●簡單人為法 根據各種水草的特性，人為地將根、莖、葉片切成需要的小段，埋在沙中使他發芽生根，這種方法是目前使用得最廣的方法。
●組織培養法 多用於名貴水草的快速繁殖，和簡單人為法相似，只是用富含營養的培養基代替了沙土，但比簡單人為法的培養速度要快幾倍，是名貴和稀有品種水草最好的繁殖方法。因為，名貴水草來之不易。
●有性繁殖 水草的有性繁殖是通過開花、傳粉、授精和結實〔形成種子〕白勺過程來完成水草的後代繁衍。水草也有雌雄之分，同壹植株上既有雌性花又有雄性花，稱為雌雄同株；雄性花與雌性花不在同壹植株上的稱為雌雄異株，它們的花為單性花。
有性繁殖的花粉傳授方式主要的途徑有昆蟲傳粉和水流傳粉，有些水草將花開在水面上，昆蟲在采集花粉時無意間為水草傳遞花粉；水流傳粉是水草將花開在水面或水中，由水的流動使花受粉。另外，還有壹些水草在水位高時，可以用閉鎖的方法傳授花粉。它們將花開在花苞中，直接在花苞中結果，這在雙子葉水草中最為普遍。除了傳花授粉外，在水草的群體中，有些水草是兩性花，有些水草是單性花。大多數水草都由異花受粉，所以它們需要有傳粉的媒介。由於水草的種類不同，受粉的方式也有很大的區別，如苦草、赤藻、金魚藻等水草是以水為傳粉媒介，故叫水媒花。再如苦草屬雌雄異株，它的雌花成熟時，花序柄很快地伸長，將花挺出水面，讓花在水面上開放，而雄花成熟後沖破雄性佛焰苞，脫離花序，浮到水面，隨著水的遊動，使它有機會靠近雌花，促使花粉有可能雌花的柱頭上，使之受粉。受粉後的雌花，因花序的柄呈螺旋狀蜷曲，慢慢地將果拉入水中成熟。
黑藻也是雌雄異株的水草，與苦草不同的是雌花只是在臨近水面開放，雄花成熟後也沖破佛焰苞脫出，同時將花粉撒入水中，憑借花粉含有澱粉的重量，使花粉容易地下沈而落在柱頭上來進行受粉，受粉後發育成果實。
還有壹種狐尾藻，它的花極度退化，花伸出水面，成熟後的花粉散布於空氣中，隨著風和氣流在空氣中飄動，柱頭上的面積漸漸擴張，後發展成羽毛狀，使得水面上的花粉有更多的機會碰上柱頭，而達到受粉的目的，所以叫風媒花。受粉後的子房發育成果實，而胚腺發育成種子，種子再萌發為新的植株，這就是有性繁殖的全過程。
依靠有性生殖細胞繁衍後代，也是壹種生殖方法，但這種繁殖方法在水草中已經很少。
●種子萌發 成熟的種子在沒有外界幹擾的條件下是處於靜止狀態的，這時種子含水分只有10％。種子在適宜的溫度下吸收水分，這時種子所含水分達95％。到種子獲得水分後，種子的表皮開始軟化，種子中酵素開始活動，對種子中的養分進行分解，變為可溶性營養供胚芽吸收，使胚芽細胞分裂、分化而生長。胚芽的生長變大所產生的壓力，使種子的外殼破裂，胚芽與子葉被推出而成為幼苗。
培育水草新品種的常規方法是雜交和嫁接，而在水草中大多是不具備有性繁殖的能力，因此，他們的種子也就很難收集，這就決定了開發水草的新品種用雜交的方式較為困難，嫁接方法更是不可能，但是，可以利用培養基因的方法，運用多種手段來打破水草的遺傳因素，改變它原有的特性而產生新的品種。