在政治上，土司制度是 以夷制夷 的民族壓迫政策的產物。土宮是封建王朝封賜而獨霸壹方的統治者。在士司統治地區，土官既掌握著政治特權，又完全控制著經濟領域，這種封建領土專制比起其前的奴隸制來說，雖然是社會的進步 , 但它並不是什麽理想的天堂 , 而是有其反動、罪惡、殘酷的壹面，特別是土司制度發展到明朝晚期，這種腐朽沒落性更加明顯地表現出來。土官自恃雄長，獨斷專行 , 權力欲膨脹，土司間經常發生武裝侵擾。在土司家族內部 , 也常因爭奪官位而相互殘殺。由於長年幹戈不止，戰亂頻繁 , 嚴重地阻礙了壯族地區社會生產力的發展。
由於生產力發展水平較低，這就從經濟基礎上影響了壯族醫藥的進壹步發展。首先，是專業壯醫隊伍受到限制，特別是能進入到官辦醫藥機構中的壯醫，為數更少，絕大多數壯醫，只能流散在民間行醫。在清末民間編纂的壹些地方誌中 , 雖然還有醫學署的記載，實際上這些機構早已蕩然無存，也未能重修。這種情況直接影響到壯醫藥的學術發展。其次 , 由於分科不細，多數壯醫的治療方法只能停留在經驗階段，未能進壹步提高，有的甚至由於後繼乏人而淹沒失傳。土司連年征戰，對於毒藥、毒箭之類的東西，作為重要武器之壹，是比較重視的，而對於民間的常見病、多發病、地方病的防治，則沒有足夠的重視 , 因而阻滯了對這些疾病防治的發展。
土司制度下的狹隘、保守、封閉思想意識，對於壯醫藥的發展也是壹種不可忽視的消極因素。據文獻記載，晉代的葛洪等醫藥學家 , 唐代的柳宗元等文人流官，都曾把中醫藥傳播到壯族地區；宋代威平初年，廣南西路轉運使陳堯叟集驗方刻石桂州驛，邕州知府範旻下令禁淫祀，市藥以施治，並刻療病方書 , 置諸廳壁。前述諸人對於中醫藥的推廣做了壹定的工作 , 但由於土司制度的落後、保守和封閉 , 壯族地區的中醫藥是不發達的。如壯族聚居的靖西縣直至解放前夕也只是在縣城有壹二家中藥鋪。壹些讀過幾本中醫書的民間醫生 ,壹經臨證擬方， 病人服之有驗者殊少。此殆於精微變通之處猶有欠歟。說明醫術並不怎麽高明。由此可知 , 有比較完整理論體系的中醫學術，在土司制度下 , 未能較多地影響和滲透到壯醫藥之中 , 這對於壯醫藥的發展和提高是不利的。另外，在土司制度下，壯族醫藥還常常被披上迷信的外衣 , 這就束縛了它的發展。
客觀地評價土司制度對於壯族醫藥的影響，應該說既有積極的壹面，又有消極的壹面，不可全盤否定，也不能全盤肯定 , 土司制度對於壯醫壯藥的民族特色、地方特色的保留，是有其歷史功績的，並使壯醫藥在漫長的歲月中得到壹定程度的發展。另外 , 在壯族尚未形成本民族的規範化文字的情況下，壯醫藥居然能通過口授心傳和部分漢文資料得以流傳下來，這不能不認為是與土司制度有壹定的關系的，其積極作用的壹面是不可抹煞的。