在實踐中，人們嘗試了許多保藏方法，如繼代培養保藏法、液體石蠟保藏法、蒸餾水保藏法、冷凍幹燥保藏法。這些方法各有利弊，在實踐中要根據保藏的目的、資金及設備狀況等因素，選擇最佳保藏方法。
1.斜面培養基冰箱保藏法這是最常用的菌種保藏方法。因為它簡單易行，不需特殊設備，並能隨時觀察保藏菌種的情況。因此，短時間保藏菌種，壹般都采用此法。
將需要保藏的菌種接種在斜面培養基上，在適宜的溫度下培養，當菌絲健壯地長滿斜面時，即可將此試管菌種取出，放在4℃的冰箱中保藏。用於保藏菌種的棉塞，要用硫酸紙包紮，防止黴菌汙染。冰箱保藏蛹蟲草菌種，壹般1個月轉管壹次。
冰箱保藏，雖然簡單易行，但溫度不夠低，只有4℃左右，蛹蟲草的新陳代謝活動並未停止，而試管斜面也易失水變幹。因此，保藏時間較短，1個月就需轉管壹次，轉管次數多了，變異的可能性也就增大，不適宜長期保藏菌種。若保藏時間超過1月，菌種的轉色與出草能力明顯下降。
2.大米培養基冰箱保藏蛹蟲草在大米培養基上培養後在冰箱內能保藏較長的時間，根據試驗，保藏5個月菌種質量無明顯變化。
3.蠶蛹基質保藏法以家蠶蛹為培養基保藏蛹蟲草，在冰箱保藏4個月或在室溫下保藏1個月，均未發現明顯的變化，生產上多采用此種方法。
采用大米及家蠶蛹培養基在三角瓶保藏菌種，保藏的菌絲體相對較多，基質不易幹燥，生產上使用方便。
4.礦油保藏法礦油（主要是液體石蠟）保藏，也稱液體石蠟保藏。此法簡單易行，無需另添設備，各生產單位均可應用。礦油能隔絕氣體交流，防止培養基水分蒸發，抑制微生物代謝，推遲細胞衰老，能延長微生物的生命。
（1）培養基常用的培養基配方為20%的馬鈴薯汁500ml，5%的蠶蛹汁500ml，蛋白腖5g，磷酸二氫鉀（KH2PO4）3g，硫酸鎂（MgSO4H2O）1.5g，葡萄糖20g，維生素B1微量，瓊脂15g，pH6.5，1kg/cm2滅菌30min。
（2）礦油處理選用化學純的液體石蠟（要求不含水、不黴變、比重為0.865～0.890），分裝於三角瓶中，裝至瓶體的1/3處，塞好棉塞；另配壹套具有虹吸管的橡皮塞，用紙包好，與三角瓶壹起於1kg/cm2滅菌30min。滅菌後，將液體石蠟放在40℃的溫箱中，使液體石蠟中的水分蒸發幹凈，至石蠟液呈完全透明為止。
（3）接種培養將需保藏的菌種，接入斜面培養基上，在20℃左右下培養，待斜面長滿健壯菌絲後，取出裝入礦油。
（4）礦油灌註將上述菌種和無菌礦油放入無菌室（箱），把有虹吸管的橡皮塞裝上礦油三角瓶，無菌操作使礦油註入斜面試管內（少量菌種也可用無菌吸管灌註），使液面高出斜面頂部1cm。
（5）菌種保藏將灌註礦油的試管直立放在試管架上，於室溫或冰箱中保藏均可。室溫保藏的環境應註意通風幹燥，以免棉塞發黴，並要定期檢查。如礦油覆蓋的斜面明顯變淺，應及時補充無菌礦油，切忌培養基露出液面。
液體石蠟易燃，使用時需加註意。從覆蓋礦油斜面中移植菌種時，應盡量少帶礦油。因礦油在火焰滅菌時，會爆炸飛濺。
以後用作菌種時，可從斜面上挑取少許培養基，接種在新鮮的培養基上，經過培養，即可使用。
5.雙重橡皮栓法用普通的斜面培養基先培養菌絲，用雙重橡皮栓取代棉塞。這種雙重橡皮栓要預先用氧化丙烯滅菌，方法是按1L容器註入1ml氧化丙烯，原封放置待用。采用蒸汽容易使橡皮變軟，而用氧化丙烯等滅菌方法可以避免此弊，利用雙重橡皮栓能防止空氣進入試管，從而達到與液體石蠟同樣的效果。
6.水箱中保藏法把蛹蟲草菌種懸浮在不含有機營養成分的水管中保存，壹般用的懸浮液有蒸餾水、食鹽水、用蒸餾水時，在接有蛹蟲草菌種的瓊脂培養物中加入6～7ml蒸餾水，使細胞、孢子或蛹蟲草菌絲充分懸浮，爾後轉入試管內，密封後室溫下保藏。用食鹽水時，把在瓊脂培養基斜面上長好的菌絲懸浮在1%的食鹽水中，密封後在室溫條件下保存。
7.液氮超低溫保藏法此法是將菌種密封在含保護劑的安瓿管內，經控制速度凍結後，在－150～－196℃液態氮超低溫罐中保藏。
（1）菌種制備保藏孢子時，取孢子制成懸液，加入保護劑，裝入無菌安瓿管內。保藏菌絲體時，用液體振蕩法培養菌絲球，或用平板培養菌絲體，也可用麥粒菌種。取適量放入無菌的裝有保護劑的安瓿管內。
（2）安瓿管制作安瓿管的玻璃，要能經受溫度突變而不破裂，容易用火焰封管口，恢復培養時容易打開。壹般采用硼矽玻璃，管的大小根據需要而定，通常是75mm0mm或能容1.2ml液體的安瓿瓶比較合適。選好安瓿管後，每管加進0.8ml保護劑，塞上棉塞，1kg/cm2滅菌15min，作凍結瓊脂菌絲片或麥粒菌種用。如凍結孢子懸液時，則空管滅菌。
（3）保護劑用10%（體積比）甘油蒸餾水溶液或10%二甲亞碸（dimethylsulfoxide）蒸餾水溶液作保護劑。
（4）凍結保藏將上述準備好的菌種無菌操作移入加有保護劑的安瓿管中，用火焰將安瓿管上部熔封，浸在水中檢查有無漏氣。然後將封口的安瓿管放在慢速凍結器內，控制凍結速度（每分鐘下降1℃），使樣品逐步均勻地凍結到－35℃。－35℃以下的凍結速度，可不用控制而迅速下降。安瓿管凍結後，立即放入液氮罐中。罐內的氣相溫度為－150℃，液體溫度－196℃。
（5）恢復培養保藏菌種時，將安瓿管從液氮罐中取出，立即放入38～40℃的水中搖蕩至管內凍結物全部融解，開啟安瓿管，將管內菌種接入適宜培養基培養即可。
液氮超低溫保藏，是目前長期保藏菌種的最好的壹種方法。用它進行保藏各類微生物和活細胞的試驗，都獲得了滿意的結果。對那些難以保藏的或只產生菌絲的真菌，用此法保藏也很成功。
現在，普遍對液氮保藏的效果都持樂觀態度，認為液氮保種很少或不會引起細胞中遺傳物質的變化。而且液氮保藏後菌株出現的問題卻很少報道。然而，Fritssdu首先在荷蘭Horst發現雜交菌株U1經液氮保藏3年後出現退化，部分培養物產量下降，出現硬開傘，經組織分離培養後，產量質量又恢復正常。據她認為，經原生質體重新融合產生的雜交菌株，其本身對不利因素（如超低溫的刺激）適應性差，故在液氮保藏中必須考慮到這壹影響。而且反復的冷凍和解凍也會使菌株受到不同程度的損傷。
另壹方面，液氮保藏本身也有不足之處，問題在於液氮保藏系統成本高，有些地方液氮不足，使壹般保藏中心不能單獨依靠這壹保藏技術。而且液氮保藏的菌種，首先必須培養在瓊脂培養基或液體培養基中，對郵寄交流造成壹定麻煩。
壹般認為，在未經有效可靠檢測之前，從液氮保藏中取出的菌種尤其是雜交菌株，不宜作當年產季的生產用種，必須經過出菇試驗，以確保無退化或無變異才能投入生產。
幹燥保藏的作用原理在於除去蛹蟲草菌絲細胞的遊離水，以達到除去細胞代謝的液相環境，從而使代謝活動停滯並進入休眠狀態，有利於長期保存。