蒲桃常見有煤煙病、果腐病、金龜子、介殼蟲、毒蛾、蚜蟲、果實蠅、避債蛾、薊馬、癭蚊，但因蒲桃結果期長及果皮薄，所以不適合使用農藥。
煤煙病
癥狀
黑煤煙病菌在蒲桃葉表面形成壹層黑色覆蓋物，影響葉片的光合作用。發生嚴重時，蒲桃生長受抑制，花芽或新芽抽出困難。病菌在葉表形成黑色薄膜，但阻礙葉片進行光合作用。
發病規律
管理不良的果園常發生煤煙病，尤其是害蟲防治不力時更易發生。蒲桃害蟲如葉蟬、介殼蟲類及粉虱皆可在蒲桃葉片或枝條上分泌蜜露，誘發煤煙病。煤煙病的發生受蟲類危害所致，危害昆蟲密度大時，煤煙病的發生也隨之嚴重。
防治方法
主要以防治害蟲為主，控制害蟲消長，即可控制本病害的發生。田間果樹壹旦受煤煙病為害，可將受害葉片和枝剪除，減少感染源。另外，在煤煙病發病嚴重的果園要減少或盡量不用含有碳水化合物的營養劑進行葉面噴灑（如糖類等）。
果腐病
癥狀
果腐病原菌侵害蒲桃的葉片及果實。果實受害較嚴重，果實發病初期形成水漬狀、褪色斑或淡紫色斑。病斑擴大呈圓形，表面散生分生孢子堆，呈黑色小點狀突起，果肉色澤變淡，出現黃褐色或淡紫色斑點，最後變成深紫色或黑色。病果常懸掛在枝條上，並不立刻墜地，後期果實脫水皺縮幹枯，呈幹枯狀而墜落地面。受害葉片上形成不規則褐色病斑，後期有黑色小點散生於病斑表面。
防治方法
化學藥劑防治可用的藥劑包括代森鋅、乙磷鋁、瑞毒黴等。
物理防治利用套袋阻隔病菌侵入。
對園內寄主同時噴藥，減少病原和病害發生。
清潔果園，避免擴散感染。
藻斑病
癥狀
在葉片上可形成兩種不同形態的病斑：壹種表面生有纖細絨毛，為病菌孢子囊柄及頂生孢囊，病斑周圍透明，似油狀光澤。受害的蒲桃葉片提早落葉，影響光合作用，進而影響蒲桃品質。
防治方法
可利用栽培管理及化學方法降低病原。如強熱修剪，藥劑或肥料強迫落葉，使病原減少到最低量。在生長過程中適當修剪，使枝條通風良好，可有效降低藻斑病。有機銅劑或波爾多液對藻斑病菌有相當好的抑制效果。
東方果實蠅
癥狀
雌蟲產卵於果實表面，幼蟲蛀食果實，使附近的果肉腐爛，並促使落果。老熟幼蟲由果肉內鉆出，入地化蛹。成蟲最多可產卵1000粒。高溫期壹代短於1個月，繁殖快速。
防治方法
結果期可懸掛含毒甲基丁香油、誘蟲燈或纖維板誘除雄蟲，本法只誘除雄蟲，對雌蟲無效，需附近果實同時懸掛，否則效果不很好。
化學防治。可撒布25%馬拉松可濕性粉劑，或5%倍硫磷乳劑200倍液混合蛋白水解物（或3%紅糖水），每7天噴撒1次，噴灑小樹並噴及樹冠，果園附近的草叢或樹叢葉片上均要噴撒，以毒除成蟲。
清潔果園，撿拾病爛果實深埋土中或淹水。
套袋。可用套袋處理，既可防止果蠅為害，又可防鳥害及寒害。