充滿力量並重獲自由的伊利丹再壹次踏上漫遊世界的旅程，他要尋找壹個可以實施自己偉大計劃的地方。然而，基爾加丹找到了伊利丹，給他壹個難以拒絕的命令。基爾加丹對阿克蒙德在海加爾山被擊敗感到非常惱火，但他有比復仇更重要的事情做。感覺到他創造的生物巫妖王的力量日漸強大，難以控制。基爾加丹命令伊利丹去毀滅納祖並消滅所有不死天災。作為交換條件，伊利丹可以得鮮為人知的力量並在殘存的燃燒軍團領主中獲得壹席之地。
伊利丹同意了，立即動身去毀滅冰封王座——巫妖王靈魂居住的冰晶體。伊利丹清楚他需要強大的寶物毀滅冰封王座。運用他從古爾丹記憶中獲取的知識，伊利丹決定找到薩格拉斯之墓，獲得黑暗泰坦的遺物。他召喚了古老的海伯恩的殘余並從黑暗的海下巢穴中把蛇型那加引誘出來。那加在狡猾的女巫瓦斯帶領下，幫助伊利丹到達了傳說中薩格拉斯之墓所在的破碎之島。
伊利丹和那加出發後，典獄長瑪維·影之歌開始追捕他。瑪維看守了伊利丹壹萬年，現在要再次把他抓獲。然而，伊利丹設計逃脫瑪維和她的獄卒的追捕，成功地得到了薩格拉斯之眼。帶著它，伊利丹來到了從前的巫師城市——達拉然。在城市土地能量線的輔助下，伊利丹用薩格拉斯之眼對巫妖王的位於遙遠諾斯然的的冰冠老窩施了毀滅性的法術。伊利丹輕而易舉地擊潰了巫妖王的抵抗，打破了世界屋脊。在最後關頭，趕來協助瑪維的他的兄弟馬歐弗容恩和女祭祀泰蘭德，阻止了伊利丹的毀滅性法術。
深知基爾加丹對他毀滅冰封王座失敗的不滿，伊利丹逃到了荒涼的外域：君諾大陸最後的殘余，獸人從前的家鄉。在那裏他躲避基爾加丹的憤怒，計劃下個步驟。在成功阻止伊利丹後，馬歐弗容恩和泰蘭德回到阿森維爾森林保護他們的人民。然而瑪維沒有輕易離開，他追隨伊利丹到了外域，決定把他帶回去審判。
血精靈的崛起
與此同時，不死天災把洛丹倫和奎歐沙拉斯徹底改造成了毒氣彌漫的瘟疫之地。只有壹小股聯盟的抵抗力量留了下來。其中壹群主要由高精靈組成，由太陽行者王朝最後的王子：凱爾薩斯領導。凱爾，本身就是名法力超群的巫師，逐漸意識到聯盟的失敗。高精靈為家園淪喪感到悲哀，為對死難的人民表示尊重，他們決定稱自己為血精靈。盡管他們在絕境中全力防衛天災，但與賦予他們法力的太陽之井切斷聯系使血精靈十分痛苦。為了要滿足族人對魔力的依賴，凱爾做了不可思議的事：他投靠了海伯恩的先祖，加入了伊利丹和他的那加，目的是找到可以依靠的新的魔法力量。聯盟指揮官指控血精靈為叛徒，將他們從善良陣營中驅逐。
走投無路之下，凱爾和血精靈跟隨伊利丹到了外域，在那加和血精靈聯軍的幫助下，伊利丹擊敗了壹直在追捕自己的典獄長瑪維，擺脫了她的糾纏。以外域為基地，伊利丹集聚力量發起了對巫妖王和他的冰冠要塞的第二輪攻擊。
瘟疫之地內戰
巫妖王納祖知道他時日不多。在冰封王座的禁錮中，他懷疑基爾加丹會派人毀滅他。伊利丹強大法術的傷害已經使冰封王座破裂，因此，巫妖王的力量也日漸衰弱。為拯救自己，他召喚了最強大的仆人：死亡騎士阿爾薩斯王子。
盡管自己的力量也隨巫妖王的虛弱而漸漸流逝，阿爾薩斯還是挑起了洛丹倫的內戰。在女巫西歐瓦納斯帶領下的壹半不死軍隊政變，壹舉控制了不死帝國。在巫妖王的召喚下，阿爾薩斯被迫將不死天災留給凱爾蘇紮德掌管，戰爭擴散到了整個瘟疫之地
最後，西歐瓦納斯和她的反叛不死軍隊（被稱為放逐者）占據了洛丹倫廢棄的首都。在殘破城市之上建立他們自己的防禦工事，放逐者發誓要將凱爾蘇紮德和他的走狗趕出這塊大陸。
決定拯救自己的主人，虛弱的阿爾薩斯抵達了諾森德卻只發現伊利丹的那加與血精靈聯軍在等著他。他與奈如伯盟友要飛速趕到寒冰王冠冰河保衛冰封王座，而伊利丹的部隊也在去那裏的路上。
巫妖王勝利
即使已經很虛弱，阿爾薩斯還是趕在伊利丹之前到達了寒冰王座。阿爾薩斯用手中的魔劍——霜之哀傷劈開了困住巫妖王的冰牢，並因此釋放了納祖的附魔頭盔和胸甲。阿爾薩斯戴上了有著不可思議力量的頭盔，成為新的巫妖王。納祖和阿爾薩斯的靈魂融合在壹起，變的無比強大。如納祖所預料的，伊利丹和他的部隊倉皇逃回外域。阿爾薩斯成為世界上最強大的魔物。
現在，新的不朽巫妖王阿爾薩斯居住在諾森德，傳說他正致力於寒冰王冠老巢的重建。他的得力助手凱爾蘇紮德率領著瘟疫之地的不死天災。西歐瓦納斯和放逐者們龜縮在特瑞斯福林地，那只是被戰爭分裂的王國的壹小部分。
古老的仇恨：卡利姆多的殖民
盡管勝利屬於他們，凡間的種族發現他們處於已經被戰爭破壞的世界中。不死天災和燃燒軍團毀滅了洛丹倫的文明，在卡利姆多也幾乎完成了他們的侵襲。森林需要治愈，積怨需要撫平，家園需要重建。戰爭在每個種族身上留下了深深地創傷，從聯盟和部落簽定了脆弱的和約開始，他們已經無私地緊密團結在壹起，為壹個新的開始而努力。
薩爾領導獸人前往卡利姆多大陸，在他們牛頭人朋友的幫助下建立新的家園。為了紀念薩爾被謀殺的父親，他們把這塊土地命名為杜若塔。獸人們定居下來重建壹度輝煌過的社會。現在惡魔的詛咒結束了，部落從好戰尚武的整體變有些分散，專註於生存和繁榮而不是征服。在高貴的牛頭人和狡黠的黑矛部落巨魔的協助下，薩爾和獸人們在自己的土地上開創新的紀元。
剩余的聯盟力量在吉安娜 普勞德摩爾帶領下定居在卡利姆多南部。遠離塵翻沼澤的東岸，他們建造了簡陋的港口城市希拉莫。在那裏，人類和矮人的聯盟為了在這塊經常威脅他們的土地上力求生存。盡管杜若塔和希拉莫的保衛者們簽定了休戰協議，但殖民地脆弱的和平不會持續太久。
人類和獸人之間的和平在強大的聯盟艦隊到達卡利姆多後瓦解了。強大的艦隊在海軍上將戴林·普勞德摩爾（吉安娜的父親）的指揮下，在阿爾薩斯毀滅王國前啟航，已經在海上艱苦航行了幾個月之久。普勞德摩爾上將在尋找他能找到的所有聯盟幸存者。
普勞德摩爾的艦隊給這個地區的穩定帶來了嚴重的威脅。作為第二次戰爭中知名英雄，吉安娜的父親是部落堅定的敵人，而且他決定在獸人們站穩腳跟前毀滅杜若塔。
普勞德摩爾上將逼迫吉安娜作出可怕的決定：要麽支持他與獸人戰鬥並背叛新建立起來的聯盟，要麽為了維持聯盟與部落達成的脆弱的和平與他親生父親為敵。在靈魂的煎熬中，吉安娜選擇了後者，她幫助薩爾擊敗了她瘋狂的父親。不幸地，在吉安娜來調解或證明獸人不再是嗜血的怪物前，普勞德摩爾上將戰死沙場。被她的忠誠打動，獸人允許吉安娜的部隊安全返回希拉莫的家園。
詳見“魔獸正史”
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