區分條紋鼠最準確最常用的地方是生殖器。雌性有生殖孔，即尿道口下方有裂隙，而雄性沒有這種結構。
條紋鼠的毛色像牛壹樣是黑白相間的。最常見的被毛顏色是從前肢到頭部的巧克力色或黑色，被稱為頭巾。背部大部分是白色的，但中間有黑色斑點或黑色毛發。