真核轉錄調控因子以模塊化結構為特征，這些蛋白質往往由兩個或多個獨立的結構域組成，其中DNA結合結構域(BD)和轉錄激活結構域(AD)是轉錄激活因子發揮功能所必需的。
BD可以與特定的基因啟動子區域結合，但不能激活基因轉錄。BD和AD與不同的轉錄調控因子形成的雜合蛋白可以執行激活轉錄的功能。