中華鱘主要以壹些小型或移動緩慢的底棲動物為食，包括蝦、蟹、軟體動物和水生昆蟲等。，其食物種類也因生活環境不同而有所變化。幼魚主要以長江中上遊的搖蚊幼蟲、蜻蜓幼蟲、蜉蝣幼蟲和植物碎屑為食，河口鹹淡水區的幼魚以蝦蟹和小魚為食。