果膠酶可以提高出汁率和澄清度。

果膠酶使植物組織疏松，細胞受損。果蔬汁加工中添加果膠酶，使其作用於果膠中D-半乳糖醛酸殘基之間的糖苷鍵。通過破壞果膠分子，軟化果肉組織，提高過濾性，加快汁液過濾速度，提高出汁率。此外，細胞受損，胞內物質外流也增加了出汁率。

果汁渾濁的主要原因是果汁中含有大量的果膠，而果膠酶能催化果膠水解成半乳糖醛酸。