安全性:非轉基因紫薯是天然食品，沒有經過轉基因，安全性比較高。但轉基因紫薯可能對人體有不良影響，所以安全性相對較低。
基因來源:轉基因紫甘薯是通過基因工程將其他物種的基因導入紫甘薯，改變其性狀。而非轉基因紫薯沒有經過轉基因，其基因來源是由自然選擇和環境因素決定的。