1.衛生防疫部門:檢測水源是否被病原體汙染。這個部門有專業的病原體檢測能力，可以確定水源中是否有病原體。
2.環境監測部門:檢查水源中所含的元素和化合物是否符合飲用水指標，該部門可以提供全面的水質分析和評價。
3.藥品檢驗所:是開展飲用水檢測的機構之壹，尤其是針對藥物殘留等特定問題。