種子中藥的藥用部分多為完整的成熟種子，包括種皮和種仁；種仁包括胚乳和胚。也有少數用部分種子，如綠豆皮作種皮，肉豆蔻皮和龍眼肉作假種皮，肉豆蔻作種仁不帶種皮，蓮子心作幼葉和胚根。極少數加工品為成熟種子，如大豆黃卷為發芽種子(發芽幹燥加工品)，淡豆豉為發酵加工品。