幹黃花菜需要存放在陰涼幹燥的地方，避免陽光直射，同時要註意防潮、防蟲、防鼠等措施。如果保存得當，幹黃花菜可以保存1到2年左右，甚至更久。
幹黃花菜保存時，可先徹底晾幹，再放入密封容器中保存，以免受潮氧化。如果需要長時間保存，可以將幹黃花菜放入冷凍室保存，但要註意解凍後可能會影響口感。