皮蛋作為壹種高堿性食品，含有高含量的氨和石灰。過量食用容易刺激人體胃腸黏膜，從而增加人體胃腸道負擔，可能對人體健康造成威脅。所以皮蛋建議煮熟後吃更好。
做皮蛋的時候會加入石灰和純堿。在堿性溶液中，蛋白質會呈現凝膠特性，蛋白質在分解過程中會產生氨，使皮蛋生吃時味道變尖。煮皮蛋可以降低氨的含量，改善口感。