水產系以水產養殖為特色，以本科教學為中心，構建了產學研緊密結合的辦學機制，以培養德、智、體、美全面發展，具有壹定自然科學和人文社會科學知識，具備水產動植物增養殖、病害防治、營養與飼料、水產生物學、漁業水環境科學等方面的基礎理論和基本技能，具有創新精神、實踐能力和創業魄力的水產應用技術、管理、科技開發、教學等方面的復合型高級應用型人才為培養目標，突出創業型人才的培養，得到了社會的普遍認可，近年來我系畢業生壹次性就業率均在95%以上。為了滿足學生個性發展需要，水產養殖學專業專業分設水產養殖和營養與飼料兩個專業方向，學生先在壹起學習公***課、基礎課和專業基礎課，2年後學生自主選擇專業方向。
按照學校將榮昌校區建設成為高水平特色校區的要求，進壹步突出校區產學研緊密結合的辦學特色和人才培養特點，水產系與重慶市南方大口鯰原種場（國家級水產原種場）、四川省瀘州市正熙珍稀水生生物研究所等省市的幾十家生產和科研單位建立了定點實習、科研合作關系，為水產專業實施產、學、研結合提供了得天獨厚的條件，為培養應用型水產專業人才，服務社會和地方經濟的發展做出了積極的貢獻。水產系多名教師作為全國UNDP項目科技特派員長期堅持服務農村，利用專業所長為水產養殖企業和廣大養殖戶提供科技服務，受到社會普遍歡迎及好評。
水產系學生工作始終堅持“育人為本，德育為先”的教育理念，圍繞教學和育人這個中心，以學風班風建設為重點，以系列品牌活動為基礎，以學生素質拓展為主要載體；堅持教育為主、管理從嚴、服務到位的原則，切實指導和充分調動學生的主觀能動性與創造性，為學生健康成長和全面成才提供政治導向、精神動力、智力支持和思想保障。有效地促進學生創新精神、實踐能力的不斷提高和綜合素質的全面發展。2006年11月，中國水產學會在我系建立了“中國水產學會西南大學學生會員工作站”，為學生開展學術交流、科普宣傳、科技服務、科技創新等搭建壹個良好的平臺。該站是中國水產學會在我國大專院校中建立的第壹個學生會員工作站，受中國水產學會及西南大學的雙重領導，水產系負責日常管理。學生在校期間可以加入中國水產學會，成為學生會員，畢業後直接轉為普通會員。多年來，水產系通過黨、團、學生社團等開展壹系列質量高、內容豐富多彩的學生科技文化藝術活動，為水產學子的成長成才與綜合素質的全面提升起到了重要作用。