屬於重慶市
萬州居於重慶主城至宜昌600公裏之間，歷史上就是川東、渝東、鄂西、陜南、湘西和黔東北的物資集散地，自古有“萬商之城”的美譽，抗戰時，與重慶、成都並稱“成渝萬”。
1997年，萬州、涪陵、黔江正式劃歸重慶。1997年前，萬州屬四川省，稱萬縣市，為地級市，轄龍寶區、天城區、五橋區，同時代管3區8縣。此後，因為重慶行政管理體制調整的需要，對萬、涪、黔進行了行政調整，其中萬州歷時最長，也最復雜。
萬州歷史悠久，以“萬川畢匯”、“萬商畢集”而得名。舊石器時代即有人類活動遺跡，大周鎮渣子門遺址出土壹批打制磨制石器;新石器時代有涪溪口、麻柳沱、密溪溝、蘇和坪、大地嘴、黃柏溪、聚魚沱等眾多遺址。
夏屬梁州之地，商周屬庸國境域。周匡王二年（公元前611年），楚、秦、巴三國聯合滅庸，三分其地，區境歸屬巴國。在巴國由清江流域沿長江流域西遷過程中，曾駐萬州區武陵鎮“巴子故城”。
秦昭王三十年（公元前277年），秦奪取楚國西部地區後，置巴郡朐忍縣（治萬戶驛，今雲陽縣雙江鎮建民村）管轄。
東漢建安二十壹年（ 216年 ），劉備分朐?西南地界置羊渠縣，治今萬州區長灘鎮，為萬州建縣之始；
蜀漢建興八年（ 230年 ），省羊渠置南浦縣。
南北朝，西魏廢帝元欽二年（ 553年 ），改南浦為魚泉縣，徙治江北(原環城路)；北周先改魚泉縣為安鄉縣，後又改萬川縣，與南州和萬川郡同治。
隋朝，開皇十年（ 598年 ），廢萬川郡，改萬川縣為南浦縣，與南州同治；煬帝大業三年（ 607年 ），省南州、南浦縣歸屬巴東郡。
唐代，武德二年（ 619年 ）置南浦郡，領梁山、南浦、武寧 3 縣；武德八年改南浦郡為浦州；貞觀八年（ 634年 ）改浦州為萬州；天寶元年（ 742 年）改萬州為南浦郡；乾元元年（ 758年 ）復名萬州，仍領南浦、武寧、梁山3縣。
五代十國時期，萬州境域先後為前蜀、後唐、後蜀占據，行政建置仍沿襲唐制，領南浦、武寧、梁山3縣。
北宋開寶三年（970年），以萬州石氏屯田務置梁山軍（亦名高梁郡），領梁山1縣，劃歸夔州路管轄。
元代，世祖至元二十年（ 1283年 ），省南浦縣入萬州，領武寧1縣。
明朝，洪武四年（ 1371年 ），並武寧縣入萬州，洪武六年（ 1373年 ）降萬州為萬縣。
清代，沿循明制。光緒二十八年（1902年）9月5日，英帝國主義強迫清政府簽訂《中英續議通商行船條約》，增辟萬縣為通商口岸。
民國六年（1917年）設立海關，因長江黃金水道便利，隨後國內外客商紛至沓來，萬州壹躍成為四川第三大城市，有“成渝萬”之稱，同時，也成為川東、鄂西、陜南、黔東、湘西的重要物資集散地。
民國十四年（1925年）7月，段祺瑞政府宣布萬縣正式開埠，從此萬縣成為四川省第二個直接報關出口的通商口岸。
民國十七年（1928年）11月15日，駐萬軍閥楊森以萬縣城區設置萬縣市。
民國二十四年（ 1935年 ），設萬縣專區。
中華人民***和國成立後，萬縣專區先後屬川東行署區、四川省領導。
1992 年12月，四川省撤銷萬縣地區。設立地級萬縣市，轄龍寶區、天城區、五橋區、開縣、梁平縣、忠縣、雲陽縣、奉節縣、巫山縣、巫溪縣、城口縣3區8縣。
1996年9月，中央批準四川省計劃單列市重慶市代管萬縣市。
1997年，重慶成為中央直轄市。重慶撤萬縣市，設萬縣移民開發區和萬縣區。
1998年5月22日，國務院（國函[1998]37號）批準同意萬縣區
更名為萬州區，萬縣移民開發區更名為萬州移民開發區。（萬州區仍轄龍寶管委會、五橋管委會、天城管委會）
2000年6月25日，國務院（國函[2000]88號）批準同意撤銷萬州移民開發區，原萬州移民開發區代管的忠縣、開縣、雲陽縣、奉節縣、巫山縣和巫溪縣由重慶市直轄。同時，龍寶管委會、五橋管委會、天城管委會更名為龍寶移民開發區、五橋移民開發區、天城移民開發區，仍由萬州區管轄，***32個鎮、45個鄉、14個街道，1277個居委會、村委會。
2005年4月，重慶市委、市政府決定撤銷龍寶、天城、五橋3個移民開發區，由萬州區直接管理鎮鄉、街道，轄13個鄉、28個鎮、11個街道，總人口168萬人，主城區人口53萬，幅員面積3457平方千米。2005年6月24日，國務院（國函[2005]55號）批準同意重慶市萬州區人民政府駐地由太白巖街道遷至陳家壩街道註：2004年重慶市政府批復同意太白巖街道更名為太白街道。（即由高筍塘82號遷至天城大道756號）