播映時間：1996年02月26日
簡介：城中美術館冒出中世紀盔甲會自己走路的傳聞，引起了小蘭濃厚的興趣，打算壹探究竟，沒想到卻意外地發現美術館在壹周後即將關閉，更加意外的是，未來的美術館所有者竟然被殺了，又是壹樁撲朔迷離的殺人事件……
034 山莊繃帶怪人殺人事件（前篇）
035 山莊繃帶怪人殺人事件（後篇）
052 霧天狗傳說殺人事件
088 德修拉別墅殺人事件（前篇）
089 德修拉別墅殺人事件（後篇）
136《青色古堡搜索事件（前篇）》
播映時間：1999年02月22日
簡介：博士和少年偵探團去露營的時候看到了壹座城堡，被招待入內。這座城堡據說是老主人留下的，有很多謎。柯南對於房間的隔斷發生了懷疑，消失在墻壁中間……
137《青色古堡搜索事件（後篇）》
播映時間：1999年03月01日
簡介：繼柯南失蹤後，博士和元太先後也被人暗算，此時光彥似乎發現了什麽……灰原和步美在調查時被兇手抓到，這時兇手舉起了手中的鐵棍……
184《詛咒的假面在冷笑》1小時特別篇
播映時間：2000年03月13日
簡介：小五郎他們去參加為了交通事故的孤兒們的慈善活動，被邀請到發起者的社長家裏。社長的蘇芳紅子在收集面具。連被稱作被詛咒的假面的面具也用來裝飾。為了不讓這些面具出來作怪，晚上0點就會把這件假面之屋鎖掉。當天晚上蘇芳紅子在自己的臥室被殺害，臥室上了兩道鎖，處於密室狀態。同時在蘇芳紅子的屍體周圍被詛咒的假面散落了壹地。這真的是詛咒嗎？
222《人魚失蹤記（事件篇）》
播映時間：2001年01月29日
簡介：平次收到壹封信，上面寫著“會被人魚殺死”的信，於是跟小五郎、柯南等壹同來到了美國島。他們去尋找送信人門協紗織，但她已經不知去向。正好島上舉行儒艮之祭，祭奠開始後，紗織的朋友壽美的屍體被發現，是在瀑布上吊身亡的。
223《人魚失蹤記（推理篇）》
播映時間：2001年02月05日
簡介：壽美小姐死亡時間不到壹個小時，只要跟著長筒靴的鞋印，就會找到兇手藏身的地方，但腳印卻直接通向大海。
224《人魚失蹤記（解決篇）》
播映時間：2001年02月12日
簡介：平次和和葉找到了人魚墓，卻由於疏忽將兩個人都處於了懸崖邊緣的危險境地。另壹方面，柯南讓沈睡的小五郎說出了美國島發生的殺人事件與人魚傳說的真相。
274《幽靈公寓的真相（前篇）》
播映時間：2002年04月15日
簡介：柯南他們從住在公寓的老人的話中對公寓內出沒幽靈的事十分感興趣，於是前往。那裏是在4年前發生至今未解決的女性燒死案件的公園前的公寓。邊上的大樓施工現場的施工住上吊自殺以來，工事也中斷了。而在幽靈騷擾之後，只有4人居住的公寓內，3人看見過幽靈……
275《幽靈公寓的真相（後篇）》
播映時間：2002年04月22日
簡介：在出現幽靈的公寓，體驗老人所說的怪現象的柯南他們被不喜歡幽靈的小蘭馬上帶回了家。柯南利用科學解開2個迷團。但是，仍有兩個無法說明。柯南從小五郎的手腕上停著的蛾子發現了犯人引起幽靈騷動的意圖以及4年前女性燒死時間的關聯。
403 不可思議的天使之館（前篇）[類似青色古堡探索事件]
播映時間：2005年6月20日
簡介：少年偵探團受同班同學松中百合子的委托、追查百合子的曾祖父伊勢川剛三留下的關於“給解開謎團者寶藏”的遺言之謎。之後在伊勢川的秘書時計帶領下，壹行人前往了《天使之館》進行調查。建築工地內的東、西、南、北4方位分別有座尖塔、上面放置著天使之像。就在他們剛結束調查、而且柯南想說出謎團的答案時卻…。
404 不可思議的天使之館（後篇）
播映時間：2005年6月27日
簡介： 少年偵探團與灰原前往“天使之館”去尋找百合子的曾祖父留下的財寶。柯南在北面的天使塔上發現黑水晶時卻不慎落入圈套掉進了地下。時計卻乘亂帶走了百合子。由於地下像溶洞似的迷宮、他們便只得邊垂下繩子邊前進。就當他們好容易走到出口時、等來的卻是百合子與誘拐她的時計…。