該片改編自士郎正宗的同名科幻漫畫，講述了在“平行世界”的2029年，全世界被龐大信息網絡連為壹體，人類的各種組織器官均可被人造化，各種新型的犯罪事件也隨之產生，日本國家公***安全委員成立下屬秘密行動小組“攻殼機動隊”，專門解決這類事件的故事。
劇情簡介
公元2029年，是壹個全世界被龐大信息網絡連為壹體的時代，是壹個人們的生活方式也許並未發生什麽重大變革的時代。人類的各種組織器官均可被人造化。因此，改造壹部分身體結構的人有之，只保留大腦而全身機械化的人有之，更有人完全把自己變成了機器人。幾乎所有人類都進行了不同程度的改造，很多人的身體都有著與網絡連接的端口（在脖子後面），對他們來說，身體只是壹個電腦終端而已，是壹個容納人類靈魂的容器。素子他們發現有壹個黑客經常入侵壹些公***設施的電腦，於是九課布置陷阱，抓獲了這個身為清潔工人的黑客與給其程序的人。可是審問過程中，他們卻發現此人的記憶早已被人所篡改，他們就象壹顆被人擺弄的棋子。素子已經陷入了迷茫的階段，她思考身為人類究竟該有何定義，人類壹生的記憶，與龐大的信息世界，就好比壹滴水和大海的程度。緊接著，麥格公司與政府合作生產的壹個完全電腦人逃離公司，在夜間被車撞倒。九課接受了她的軀體。六課也派人來，開始檢查該電腦人的軀體。軀體內的傀儡王表明自己不是AI，雖然他的代號是“2501計劃”，但是他已有了察覺自我存在的意識。此時，九課遭到襲擊，電腦人軀體被搶走。素子跟蹤劫匪，並在壹處破舊的廢墟找到了被六課藏匿的2501。2501告訴素子，外交部、六課和麥格公司合作2501計劃，而主要的程序編制者就是代田，2501的誕生只是他們的工具而已，但他產生了自我意識，逃離了他們的控制。他開始思考自己的定位，生命與死亡。這就是壹個真正人類的行為。在他漫長的尋找同伴的過程中，他發現了草稚素子，他認為只有與她結合，他們才能更加完美。雖然結合的結果會導致2501自己的滅亡，可他仍然堅持這樣認為。此刻，六課的攻擊直升機已經找到了2501和素子，得到的命令，消滅此二人。但是由於突然而來的幹擾電波，武器系統壹直無法鎖定目標。自己過去的經歷，以及2501對自己的影響，素子考慮後同意了他的要求，創造新的生命。素子和2501的靈魂融為壹體。同時，幹擾消除，直升機立刻對目標做出了攻擊動作，2501和素子都被消滅了壹個新的素子誕生了，這位少女看著龐大的世界，思考著自己該何去何從。